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[新手求助] 求助Gaussian单点能计算命令关键词怎么输才正确

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本帖最后由 www... 于 2024-10-22 20:03 编辑

高斯小白 现在开始做计算 以下是计算油酸分子单点能的计算文件内容 出现的问题是一提交任务就显示计算失败,是不是我的关键词输入错误啊。请各位大神解惑,不胜感激。

#p m062x/def2tzvp scrf=(smd,solvent=water) geom=allcheck Guess=read
em=gd3

Title Card Required

0 1
O                  9.66962600    1.53350900   -0.06664200
O                 10.76972100   -0.40736000    0.23412000
H                 11.52308800    0.21288900    0.19755700
C                  9.64388200    0.32760400    0.08198400
C                  8.40607500   -0.53609300    0.12277800
C                  7.10997100    0.25341400   -0.04868800
H                  8.50843300   -1.30225500   -0.65690900
H                  8.41277100   -1.08297100    1.07479800
H                  7.04405000    1.01537500    0.73783300
H                  7.14111100    0.79702900   -1.00107100
C                  5.87077500   -0.64418700   -0.00526300
C                  4.56295100    0.13430300   -0.17402600
H                  5.84851400   -1.19062200    0.94868600
H                  5.94452500   -1.40733200   -0.79348700
C                  3.31861000   -0.75714300   -0.13162600
H                  4.49066300    0.89743600    0.61438600
H                  4.58640600    0.68095000   -1.12790900
H                  3.39016900   -1.51985500   -0.92073000
H                  3.29601500   -1.30471100    0.82186500
C                  2.01110300    0.02166800   -0.29882200
C                  0.76358500   -0.87750500   -0.25173300
H                  2.02968800    0.56612400   -1.25381800
H                  1.93199600    0.78420200    0.48826500
C                 -0.51309200   -0.11272400   -0.46163900
H                  0.86419800   -1.65068000   -1.02895000
H                  0.72730800   -1.40378600    0.71137300
H                 -0.61225000    0.39556000   -1.42384400
C                 -1.49667400    0.00891300    0.43411700
C                 -2.77318900    0.77403600    0.22461900
H                 -1.39740200   -0.49937900    1.39631800
C                 -4.02144500   -0.12402700    0.27396800
H                 -2.87246400    1.54806900    1.00118000
H                 -2.73749700    1.29944000   -0.73899900
H                 -3.94399800   -0.88725100   -0.51266700
H                 -4.03901100   -0.66790000    1.22936200
C                 -5.32872300    0.65554000    0.10824000
C                 -6.57472600   -0.23364900    0.15365500
H                 -5.30700700    1.20241600   -0.84576300
H                 -5.39784500    1.41933300    0.89663500
C                 -7.88315600    0.54482800   -0.01239000
H                 -6.50436500   -0.99777200   -0.63426200
H                 -6.59595500   -0.78027800    1.10784200
H                 -7.95303200    1.30938800    0.77527600
H                 -7.86165100    1.09124700   -0.96675700
C                 -9.12966300   -0.34355100    0.03350100
C                -10.43875800    0.43432000   -0.13318700
H                 -9.15199600   -0.88983400    0.98808100
H                 -9.06021200   -1.10864300   -0.75386800
C                -11.67836200   -0.46246700   -0.08535400
H                -10.50704300    1.19866400    0.65368800
H                -10.41560100    0.97941700   -1.08732900
H                -12.59995700    0.11808300   -0.20697000
H                -11.64960300   -1.21609900   -0.88198900
H                -11.74179200   -0.99513400    0.87154900

1 4 2.0
2 3 1.0 4 1.0
3
4 5 1.0
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0
6 9 1.0 10 1.0 11 1.0
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8
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11 12 1.0 13 1.0 14 1.0
12 15 1.0 16 1.0 17 1.0
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15 18 1.0 19 1.0 20 1.0
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20 21 1.0 22 1.0 23 1.0
21 24 1.0 25 1.0 26 1.0
22
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24 27 1.0 28 2.0
25
26
27
28 29 1.0 30 1.0
29 31 1.0 32 1.0 33 1.0
30
31 34 1.0 35 1.0 36 1.0
32
33
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35
36 37 1.0 38 1.0 39 1.0
37 40 1.0 41 1.0 42 1.0
38
39
40 43 1.0 44 1.0 45 1.0
41
42
43
44
45 46 1.0 47 1.0 48 1.0
46 49 1.0 50 1.0 51 1.0
47
48
49 52 1.0 53 1.0 54 1.0
50
51
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53
54




HOLinputE1.log

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发表于 Post on 2024-10-22 14:56:06 | 只看该作者 Only view this author
#p 6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity m062x/def2tzvp
这个突兀的6-31g(d)是什么玩意 删了再跑看看
另外问报错最好把输出文件中的报错信息贴上来

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发表于 Post on 2024-10-22 14:58:20 | 只看该作者 Only view this author
m062x好像也不支持BJ阻尼形式的色散校正,如果删了6-31g(d)还不行就把色散校正改成em=gd3

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发表于 Post on 2024-10-22 15:27:51 | 只看该作者 Only view this author
怎么写了两个基组?

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发表于 Post on 2024-10-22 15:28:38 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-10-22 14:58
m062x好像也不支持BJ阻尼形式的色散校正,如果删了6-31g(d)还不行就把色散校正改成em=gd3

之前试过明尼苏达确实不支持BJ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 20:05:24 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-10-22 14:58
m062x好像也不支持BJ阻尼形式的色散校正,如果删了6-31g(d)还不行就把色散校正改成em=gd3

谢谢解惑,我把6-31g(d)删了,还是跑不出来,em=gd3也改了,也还是跑不出来,我上传了计算失败的文件,麻烦大佬看看。

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发表于 Post on 2024-10-22 20:30:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wal 于 2024-10-22 20:38 编辑
www... 发表于 2024-10-22 20:05
谢谢解惑,我把6-31g(d)删了,还是跑不出来,em=gd3也改了,也还是跑不出来,我上传了计算失败的文件, ...


geom=allcheck Guess=read
你新加的这两个命令的意思是从%chk指向的检查点文件里读取坐标和初猜信息,你如果写了就不用再提供几何坐标了,但是%chk指向的文件必须要对。可以是你结构优化之后产生的chk文件。
如果你是想正常用gjf文件里的坐标去计算,就把这两个关键词删了

另外,你把geom=connectivity删了,几何坐标后面的键连关系就没用了,也给删了再跑试试

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发表于 Post on 2024-10-23 12:55:05 | 只看该作者 Only view this author
%chk指定的路径不存在
提示写明了
Structure from the checkpoint file:  "/public1/home/t0s000841/software-t0s000841/gaussian16-test/HOLinputE1.chk"
FileIO operation on non-existent file.

别人回复后,不要编辑主贴,否则别人之前回复的内容全都作废,还会令其它读者迷惑,好像之前的人回答得不对似的

如果死活搞不懂,索性甭写geom=allcheck Guess=read,或者chk文件路径换个短点的免得写错。


根据前面别人的回复,输入文件里的硬伤太多,建议参加北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)一次性系统地学个明明白白,免得踩各种坑白浪费时间,或者任务跑起来了实际上结果都是错的还浑然不知。


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 14:07:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 12:55
%chk指定的路径不存在
提示写明了
Structure from the checkpoint file:  "/public1/home/t0s000841/sof ...

好的,谢谢sobereva老师

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