计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 268|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k跑CI-NEB过渡态能量比初末态高怎么解决?

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

155

eV
积分
168

Level 3 能力者

老师,我用cp2k跑CI-neb,自己建了初末态结构并优化收敛,按sob老师教的插点sobNEB:产生CP2K的NEB的插点的方便的工具 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元生成了四个中间态,去跑NEB,但算的过程发现初末态能量比中间态要高,想请教一下是哪里出问题了,插点产生的四个中间态需要优化吗?迁移的Ni原子初末态编号是一样的,给初末态结构优化时是固定了所有原子,除了要迁移的那个Ni原子没固定,第一次跑NEB很多不明白,想请教一下

1729599120099.png (26.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

能量

能量

0.xyz

3.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

初态,与优化成功的初态是同一个结构

1.xyz

3.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

插点1

2.xyz

3.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

插点2

3.xyz

3.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

插点3

4.xyz

3.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

插点4

5.xyz

3.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

末态,与结构优化成功的末态是同一个结构

cp2k-BAND6.out

495.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

判断NEB是否收敛的文件

isG.xyz

4.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

优化成功的初态

last.xyz

6.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

优化成功的末态

LG.inp

3.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

跑CI-neb的输入文件

LG19.cif

6.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

未优化的初态

NG16.cif

6.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

未优化的末态

slurm-36944.out

18.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

能量的输出文件

traj.xyz

29.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

插点形成的轨迹

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-10-23 12:28:27 | 只看该作者 Only view this author
插点数太少
当前情况说明末态结构用的不对,拿路径上能量最低点做几何优化得到极小点,重新跑NEB并将之作为新的末端结构

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里给了一堆NEB的具体例子,其中一个体系遇到的实际情况的处理方式可作为参考:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

13

帖子

0

威望

155

eV
积分
168

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 16:13:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 12:28
插点数太少
当前情况说明末态结构用的不对,拿路径上能量最低点做几何优化得到极小点,重新跑NEB并将之作 ...

明白了  谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 09:10 , Processed in 0.182559 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list