求助，如何考察聚合物单体与水分子之间相互作用强度

kaiyuan · 发表于 Post on 2024-10-23 17:15:08

各位老师，我目前准备考察三种聚合物单体（最大的一个单体原子数300+）分别与水分子之间相互作用强度的大小
请问用什么方法比较好，直接拿单体在水溶液中跑MD然后比较水分子RDF可行不，或者将单体及其附近的水分子取出来算结合能？
请赐教

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-23 18:06:51

没有唯一衡量强度的方式。本身溶质-溶剂作用就有极性作用、非极性作用、熵效应等等很多成份
rdf衡量过于间接。分子力场结合GBSA、PBSA、ALPB等隐式溶剂模型算的溶质的溶解自由能可以作为衡量方式之一，极性和非极性贡献可以分别讨论，但没法直接表现氢键等较鲜明的相互作用。这些溶剂模型在xtb里也支持，可以结合GFN2-xTB、GFN-FF等方法用，同时xtb还有更好但更贵的CPCM-X可以用，此外xtb还支持简单的氢键校正项体现溶质-隐式溶剂的氢键作用。

kaiyuan · 发表于 Post on 2024-10-23 20:41:13

感谢社长，
那这样的话，也可以用SMD算溶解自由能，来比较不同分子跟水之间的相互作用强度吗，精度是不是会更高

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[综合交流] 求助，如何考察聚合物单体与水分子之间相互作用强度