如何将gromacs中xtc文件轨迹的输出间距由大改小

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-8 10:19:46

如题，情况是我已经跑完MD了，但是发现参数文件的轨迹输出间距设置太大了，跑了50ns，大概是10ps才输出一次能量，我需要能量做统计，5000个点有些不够，想改成1ps输出，但是又不想重新花时间跑，想请教各位老师有什么其他的方法吗

cpa · 发表于 Post on 2024-11-8 10:28:32

gmx mdrun -rerun 指令好像可以，你改下mdp能量输出频率就行.很快的

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-8 11:21:12

cpa 发表于 2024-11-8 10:28
gmx mdrun -rerun 指令好像可以，你改下mdp能量输出频率就行.很快的

老师你好，我在user guide里面看到了rerun，但是没有看到用法，以下是我理解的输入命令，可以请您看一下是否正确吗，我跑的伞形采样，把md_umbralla.mdp里面的输出改一下，生成新的tpr文件，然后照常跑吗
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -o md_umbrella.tpr
gmx mdrun -rerun -v -deffnm md_umbrella -pf md_umbrella_pullf.xvg -px md_umbrella_pullx.xvg

cpa · 发表于 Post on 2024-11-8 15:05:23

NEW12138 发表于 2024-11-8 11:21
老师你好，我在user guide里面看到了rerun，但是没有看到用法，以下是我理解的输入命令，可以请您看一下 ...

gmx mdrun -s new.tpr -rerun new.xtc -e new.edr

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 06:40:21

分清楚轨迹的输出间距，和能量的输出间距
如果你的轨迹保存频率低于1ps，不可能靠rerun得到1ps输出一次的能量信息

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-9 11:27:21

sobereva 发表于 2024-11-9 06:40
分清楚轨迹的输出间距，和能量的输出间距
如果你的轨迹保存频率低于1ps，不可能靠rerun得到1ps输出一次的 ...

sob老师好，请问您说轨迹保存率的是指坐标输出间距吗，我的参数文件里nstxout-compressed以及nstenergy都是设置的10 ps输出，也就说这样的情况下我只能重新跑1ps输出的才行，不能把间距大的轨迹文件变成间距小的，因为当初运行的时候就没有保存那些数据，是这个意思吗

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-9 11:28:06

cpa 发表于 2024-11-8 15:05
gmx mdrun -s new.tpr -rerun new.xtc -e new.edr

好滴，谢谢，我好像是数据保存少了，看到sob老师的回答，我再去看看我的参数文件，谢谢您的回答

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 18:07:45

NEW12138 发表于 2024-11-9 11:27
sob老师好，请问您说轨迹保存率的是指坐标输出间距吗，我的参数文件里nstxout-compressed以及nstenergy都 ...

是
必须从头重新跑轨迹。不可能无中生有变出没记录的帧

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-11 00:10:18

sobereva 发表于 2024-11-9 18:07
是
必须从头重新跑轨迹。不可能无中生有变出没记录的帧

明白了，谢谢sob老师～

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-11 00:11:08

NEW12138 发表于 2024-11-11 00:10
明白了，谢谢sob老师～

因为电脑坏了，所以没能及时回复

youknowdcf · 发表于 Post on 2024-11-11 09:43:39

没有办法的，你五个点保存一次可以改成十个点保存一次，但十个点保存一次是改不到五个点保存一次的，只能重新跑了。

NEW12138 · 发表于 Post on 2024-11-15 11:29:46

youknowdcf 发表于 2024-11-11 09:43
没有办法的，你五个点保存一次可以改成十个点保存一次，但十个点保存一次是改不到五个点保存一次的，只能重 ...

是的，已经重新跑了，谢谢您的回复

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[GROMACS] 如何将gromacs中xtc文件轨迹的输出间距由大改小