求助：amber无法加热

teacher7 · 发表于 Post on 2024-11-8 14:29:46

本帖最后由 teacher7 于 2024-11-8 16:14 编辑

求助各位老师

，最小化可以正常运行，然后我是加热，平衡，成品一块跑，刚跑到加热不到一分钟就停了，打开nohup.out文件，显示是加热无法运行，我打开heat.out文件，照片如下。请问各位老师是拓扑有问题吗？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2024-11-8 15:07:08

贴你自己用的in文件，光out文件看不出来。
另外升温和平衡还有最后的production不要一起跑，一步一步来才容易排错

teacher7 · 发表于 Post on 2024-11-8 16:15:56

tomwong4253 发表于 2024-11-8 15:07
贴你自己用的in文件，光out文件看不出来。
另外升温和平衡还有最后的production不要一起跑，一步一步来才 ...

老师，我把最小化和加热的in文件上传了，你看看哪出问题了

tomwong4253 · 发表于 Post on 2024-11-8 17:02:50

我不记得in文件能不能写多个&wt这样的段落，反正我从没这么写过。
我建议你一步一步做，先把升温的in文件单独写出来，升温确认没问题，再做预平衡，预平衡没问题再做最后的模拟
别总是想都堆到一起，出了问题你也不好查。

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-8 17:12:43

em别加restraint再跑一个stage试试？有机会有原子太近把。

还有最开始时如果pmemd.cuda出问题先换sander试试。

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