求助：gromacs在完成nvt，npt后进入正式模拟的问题

linhan · 发表于 Post on 2024-11-9 18:56:02

这是报错内容：
Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
我在最后的md.mdp多定义了一行DPORSE，然后就出现报错，因为是我想加一点配体的位置限制。不清楚这是什么地方出问题，求助一下各位老师，拜托了。

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-9 20:12:21

报错已经有写解决方法了，grompp 加 -r (结构的.gro)

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 22:24:06

又是自带答案的提问

linhan · 发表于 Post on 2024-11-13 15:00:32

student0618 发表于 2024-11-9 20:12
报错已经有写解决方法了，grompp 加 -r (结构的.gro)

是的，我后面补了在指令补了-r，但是跑出来的结果发现本应该对配体的限制，反而是蛋白不动了，从可视化轨迹和对配体、蛋白分别做rmsd看出来，不清楚是怎么回事？

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-13 15:13:42

linhan 发表于 2024-11-13 15:00
是的，我后面补了在指令补了-r，但是跑出来的结果发现本应该对配体的限制，反而是蛋白不动了，从可视化轨 ...

你ligand的posre.itp include在哪？检查top 跟itp

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