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[建模与可视化] 在VMD中批量将载入分子变成GaussView风格,以及给之批量加上483博文相同设置的等值面

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本帖最后由 周小群 于 2024-11-11 20:58 编辑

在VMD中将载入分子批量更改成GaussView风格,以及在此基础上批量绘制483博文中给的效果极佳的等值面图

前置配置:在运行之前,一定要按照 Sob 老师的 652 博文 http://sobereva.com/652 中的指导,配置好文中提供的 gview_color.tcl 文件。
(此外,我也强烈推荐按照 545 博文《VMD 初始化文件 (vmd.rc) 我的推荐设置》http://sobereva.com/545,来配置vmd.rc 文件)

安装脚本:将附件 gv.tcl 下载并放到 VMD 文件夹里,然后在 vmd.rc 文件末尾加上 source gv.tcl 后保存即可。

脚本主要功能:可以对当前在 VMD 主界面已加载的所有分子进行批量设置
1)输入 gv
批量按照 Sob 老师的 652 博文《在 VMD 中使用 GaussView 的元素着色的方法》中文末提到的方式(稍作参数和显示设置调整),将 VMD 的显示改为尽量接近 GaussView 的分子绘制效果。
2)输入 gv 后再输入 gv_cub
如果是加载的.cub 文件,输入gv_cub 会批量绘制出 Sob 老师 483 博文《在 VMD 里将 cube 文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法》中的正负等值面效果(我的 isoval 默认值为 0.005)。
3)自定义等值面值
如果不满意 gv_cub 的默认等值面值 0.005,输入 gv_cub 0.007 或 gv_cub 0.05 等命令,即可批量生成以指定值为等值面的显示效果。

这个 tcl 脚本蛮简单的,我加上了相对详细的注释,也希望各位大佬能在此基础上进一步增减和修改功能,期待和大家多多交流学习!作为刚入门的小白,使用这个脚本确实帮我省了不少时间,算是在 Sob 老师的 652 和 483 博文基础上进行了一点小小的扩展吧。



gv.tcl

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