量子化学结合分子动力学计算磷酸氢钙矿物组成的团簇的电荷转移问题

Lir · 发表于 Post on 2024-11-15 16:53:26

大佬们，我计算的动力学体系是磷酸氢钙和一些氨基酸分子在主体相的水盒子里，我想计算磷酸氢钙矿物组成的团簇经过某几个氨基酸的Mulliken电荷变化。
我的算法是从动力学中提取磷酸氢钙与蛋白质接触前，接触中，接触后离开的构型，利用高斯计算磷酸氢钙和蛋白质的电荷，然后只统计磷酸氢钙团簇的总电荷，发现团簇的总电荷变化范围在+/- 0.5e 范围内，如图所示，这能说明团簇在接触离开蛋白质的过程中，电荷变化较小吗？有没有相关的文献这么算过？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-16 01:05:57

没有计算级别信息，首先就没法判断用Mulliken电荷是否合理。诸如带了弥散函数根本没法用Mulliken电荷。看下文了解不同原子电荷计算方法的特点、局限性和差异
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

本来就没有什么理由这种接触会造成转移较多电子。合理的计算级别、原子电荷计算方法下，算出来是多少就是多少。还不放心可以用Multiwfn画个密度差图更细致了解电荷转移情况
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638（http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html）
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

Lir · 发表于 Post on 2024-11-18 08:36:39

sobereva 发表于 2024-11-16 01:05
没有计算级别信息，首先就没法判断用Mulliken电荷是否合理。诸如带了弥散函数根本没法用Mulliken电荷。看下 ...

谢谢sob老师，我研究一下，感谢感谢

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[波函数分析求助] 量子化学结合分子动力学计算磷酸氢钙矿物组成的团簇的电荷转移问题