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[Lammps] 求助:想构建48个单体随机聚合,成环,形成网状聚合物长链,不知道从何下手

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本帖最后由 cpa 于 2024-11-18 13:58 编辑

我主要有以下疑问:
①如何获取data文件,我已经通过gauss优化了结构单体,并通过packmol构建了40*40*40A,48个单体的盒子
②对于in文件如果定义了class2力场参数(参考文献用的是这个)data里是否还需要写相关力场参数信息
③对于in文件里fix成键相关判定我不知道该如何编写,小于8A成键,这里每个单体需要两个成键位点聚合N-C、N-C,其中一个单体会脱落两个N
④如何设置,直至聚合物无符合成键判断

3db514fccfb201498f03a3502ba3039.png (136.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

类似这种网状结构

类似这种网状结构

097487da1b958e722acea1d931b77f7.jpg (173.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

结构单体

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
别自己手写【lammps】这种标签。这次给你改了,以后注意!
该写在帖子内容里的文字不要只出现在帖子标题里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
谢谢提醒

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