[GROMACS] 如何得到糖链的糖苷键二面角自由能景观图

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 Sunca 于 2024-11-18 22:22 编辑

我模拟的糖链有12个糖环，11*2=22个二面角，每个糖苷键用两个二面角φ=O5-C1-O4-C4, ψ=C1-O4-C4-C3表示，我看的文献里面只提到用sham命令计算输出的 x PixMap （xpm）文件通过使用 Python 程序和 xpm2txt.py 脚本转换为文本文件，然后绘制自由能景观（FEL）。用sham命令计算输出的 x PixMap （xpm）文件具体怎么来操作并没有说，希望有经验的大佬能够指教一下

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