求助用vmd分析水中的氢键时每个水分子的氢键数与文献有差距

whyu

我用的spce水模型，模型中共1000个水分子，用vmd氢键分析时，分别用了3.5A/30/3.5A/40/3.0A/20三种判断氢键的标准，但求出的每个水分子的氢键数最高才2.8，与文献中3.26还是有所差距。不知道是怎么回事，有没有老师可以帮忙解答一下。 图1是vmd的设置图，图2是求每个水分子上的氢键。不知我的方法是否正确

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “氢键分析” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

sobereva

没结构文件，都不知道结构长什么样，是个水球还是水盒子之类，没法准确回答

如果是周期性体系，记得VMD没法考虑跨盒子的氢键，有可能因此导致低估氢键数（本身xyz格式也不记录盒子信息）

whyu

sobereva 发表于 2024-11-20 04:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思sob老师，下次注意

whyu

sobereva 发表于 2024-11-20 04:51
没结构文件，都不知道结构长什么样，是个水球还是水盒子之类，没法准确回答

如果是周期性体系，记得VMD ...

是40*40*40的水盒子，周期性边界条件，用vmd长度和角度使用3.5A/30，结果是2.4.  周期性体系vmd判定不了，还有其他方法可以统计氢键数量吗，我是用lammps模拟的.xyz文件

sobereva

whyu 发表于 2024-11-20 11:10
是40*40*40的水盒子，周期性边界条件，用vmd长度和角度使用3.5A/30，结果是2.4.  周期性体系vmd判定不了 ...

可以借用gromacs的gmx hbonds统计氢键
这种体系用gromacs比用lammps强太多了，速度快得多得多得多，用起来又简单，自带的分析工具又十分丰富。

whyu

sobereva 发表于 2024-11-20 11:48
可以借用gromacs的gmx hbonds统计氢键
这种体系用gromacs比用lammps强太多了，速度快得多得多得多，用起 ...

好的老师