基于orca6输出文件的几何优化的监控脚本orcamonitor

Chlorine@Chem · 发表于 Post on 5 day ago

本帖最后由 Chlorine@Chem 于 2024-11-22 13:55 编辑

之前一直是gaussian党，有用过钟叔的tsmonitor( （更新5.0版）Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社)。最近换到新课题组，需要把工作流迁移到ORCA，为了更有效地做几何优化，尝试使用了冰老师的orcamonitor( ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 )。美中不足的点是：
1. orca6对于ts的优化任务实际上在每一步都会输出imaginary mode（应该是当前虚频振动对应的Eigenvectors贡献较大的内坐标），而orcamonitor无法输出这些信息；

2. 当优化任务中有recalc_Hess的时候，orcamonitor无法对相应信息进行提取。ps: 我发现迭代到ver 6的orca，几何优化仍旧有值得诟病的地方，几何优化收敛的case对比Gaussian存在多余虚频的可能性更大，但是opt调成convergence tight又很容易出现calc_Hess已经显示正确数量的虚频，几何优化收敛的几个指标也处在可接受水平，但几何优化死活不能收敛。

为了解决一下这个问题，我重新写了自己版本的orcamonitor，用的是python3，需要有numpy安装（我的bash功底实在汗颜...

使用说明：

$ ./orcamonitor.py -h

复制代码

usage: orcamonitor.py [-h] [-i] [-x XYZ] [-o] [-f FREQ_TYPE] filename
Process ORCA output files.
positional arguments:
filename The ORCA output file to process
options:
-h, --help show this help message and exit
-i, --interactive Enable interactive mode
-x XYZ, --xyz XYZ Extract the xyz frame, int.
-o, --ongoing never raise error if encoutered
-f FREQ_TYPE, --freq_type FREQ_TYPE
Works for Freq-Only task, to judge if if qualifies. opt or ts (default: opt)

复制代码

ps:
1. 五个几何优化收敛标准默认输出的是 (当前的值/normal收敛限的值)，也就是<1即为该项已经满足normal收敛条件。
2. MonConv 基于当前轮的im_freq和五个收敛标准，当且仅当满足两个条件时输出YES：
1) im_freq （源于recalc_Hess或者优化结束的freq计算）不为空而且虚频数目满足优化类型要求（opt 0个虚频，optTS 1个虚频）
2) 五个几何优化收敛标准有四个已经满足或者能量变化收敛且两个梯度收敛限达到normal标准的一半（具体可见代码）

之所以设计这个奇怪的性质，是因为本人在做计算的时候实际会用脚本实时监测输出，一旦出现recalc_Hess显示虚频数量正确，且五个优化标准已经还过得去了，我就会截停orca以提升效率。

输出示例：
1. 一个过渡态优化(convergence tight)+freq正常结束的case。

可以看到，优化总共经历了24轮，没有设置recalc机制所以只有最后有im_freq虚频输出。在最后几轮五个收敛标准已经达到了normal的要求，但是没有达到tight要求因此还在继续优化。

2. 一个过渡态优化(convergence tight)+recalc_Hess结束的case

可以看到在第10轮的时候，由于虚频数量正确，且完全达到了normal收敛的标准，优化就结束了（被我截停了）

3. -x关键词可以方便地抽取某一帧优化的结构

学生第一次写脚本，瑟瑟发抖）欢迎大家使用和交流，如果有bug，欢迎留言/联系 Email: jingdann.chen@gmail.com
以及特别感谢冰老师和钟老师的脚本!!

orcamonitor.py本体：

orcamonitor.py (21.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

输出文件测试用：

output_test.zip (1020.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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[ORCA] 基于orca6输出文件的几何优化的监控脚本orcamonitor

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