求助通过周期扰动法计算低共熔溶剂剪切粘度

JasonTtheGOAT

各位社友，老师们，大家好。近期笔者通过LAMMPS计算 ChCl-Urea（molar ratio 1:2）体系的剪切粘度遇到了一些问题。以下是我的模拟步骤，仿照了文献（J. Phys. Chem. B 2018, 122, 9982-9993），模拟所使用的的输入文件参考了LAMMPS documentation （https://github.com/lammps/lammps ... ITY/in.cos.1000SPCE）：

1、建模完成后用OPLS-AA-DES力场，NPT系综，跑了10ns平衡，时间步1fs；
2、将平衡后构型再用NPT跑不同余弦加速度（A）下的 production runs，每一个加速度各跑30ns；
3、在 production runs 的过程中，每 100fs 输出一次reciprocal Vis，共300,000数据点，做后处理；


我的问题是：
1、我应该该采用何种数学方法处理所得的 reciprocal Vis 的数据，以得到平均后的 Shear Viscosity 数值？
2、我应该先对 reciprocal Vis 求平均，再取其倒数得到 Shear Viscosity；还是说，先对 reciprocal Vis的数据点取到数，再对这些数据点取平均得到 Shear Viscosity？
3、production run for 30 ns 后，在部分余弦加速度（A）下的 reciprocal Vis 的平均值还出现了负数的情况，这是正常的吗？

谢谢大家。

Nemo_ZJU

参见
https://jerkwin.github.io/2018/0 ... %E7%B2%98%E5%BA%A6/

JasonTtheGOAT

谢谢！我还得去找找有没有LAMMPS的脚本。