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[CP2K] 计算MOF-H2的吸附能输入文件咨询

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各位老师好,我用CP2K计算MOF对氢气的吸附能。然后我准备先几何优化,优化后用restart文件进行能量计算。对这个过程可能理解不全面,所以想请教一下这样是否合理。
几何优化的设置如下,PBE(这里有没有必要使用PBEsol),DZVP-MOLOPT-SR-GTH,DFT-D,对角化算法(因为原子数接近400了,所以用了OT),CUTOFF  400,REL_CUTOFF 55,用了BFGS,不确定这里该不该使用LBFGS
请问我现在设置的计算是否适合当前体系?

cp2k.inp (27.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)






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发表于 Post on 2024-12-11 21:46:43 | 只看该作者 Only view this author
没必要用LBFGS,体系又不算很大

给最关键的H可以用TZ档次的基组。其它没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-11 22:12:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-11 21:46
没必要用LBFGS,体系又不算很大

给最关键的H可以用TZ档次的基组。其它没问题

谢谢卢老师的回复。

卢老师,在算能量的时候使用TZ档次的基组可以吧。

再就是我是根据GCMC模拟后获得的吸附密度分布图,根据密度分布初步判断的吸附位点,然后我将H2分子放在了对应的位置附近,这个时候需要GFN1-xTB先跑一下吗?然后再进一步进行几何优化?(这个我是参考您沸石吸附甲苯的做法,但是不知道是否适用于我的这个工况)

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发表于 Post on 2024-12-11 23:18:45 | 只看该作者 Only view this author
honest 发表于 2024-12-11 22:12
谢谢卢老师的回复。

卢老师,在算能量的时候使用TZ档次的基组可以吧。

优化时候也用更好

不需要
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-12 11:26:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 honest 于 2024-12-12 11:27 编辑
sobereva 发表于 2024-12-11 23:18
优化时候也用更好

不需要

卢老师,再次请教一下。在您的指导下。我构建的MOF-H2模型几何优化跑完了,但是结构基本没有什么变化,请问一下这是否正常呢?
另外一个问题就是产生的波函数文件,我想拿来进行IGMH分析,但是波函数文件导入不进去(
波函数文件我想上传但是压缩不到指定大小),显示如下:

cp2k-1.restart (39.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
cp2k-pos-1.xyz (338.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)



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发表于 Post on 2024-12-13 01:44:15 | 只看该作者 Only view this author
honest 发表于 2024-12-12 11:26
卢老师,再次请教一下。在您的指导下。我构建的MOF-H2模型几何优化跑完了,但是结构基本没有什么变化,请 ...


被吸附分子位置没怎么变化通常都是收敛限太松,或者一开始摆得太远导致受力太小、过早地满足了收敛限

CP2K的.wfn根本就不是一般意义的.wfn文件,别光看后缀想当然
CP2K的波函数给Multiwfn进行分析必须用molden文件,下文明确说了
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-24 09:21:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 honest 于 2024-12-24 09:23 编辑
sobereva 发表于 2024-12-13 01:44
被吸附分子位置没怎么变化通常都是收敛限太松,或者一开始摆得太远导致受力太小、过早地满足了收敛限
...

卢老师,按照您的之前的回复。
我又重新摆放了H2的位置,进行优化,试了几次还是没有收敛。在这次优化的过程中,H的基组采用了TZVP-MOLOPT-GTH-q1,其他元素采用的是DZVP档次。因为已经试了一次优化,还是没有收敛,所以这次优化的时候,我把置信半径改为了0.05,还是没有得到收敛。请问一下,我接下来该怎么尝试呢?

cp2k.inp (27.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

third.zip (970.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)


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发表于 Post on 2024-12-24 13:31:14 | 只看该作者 Only view this author
honest 发表于 2024-12-24 09:21
卢老师,按照您的之前的回复。
我又重新摆放了H2的位置,进行优化,试了几次还是没有收敛。在这次优化的 ...

对于CP2K的BFGS,几何优化60多步没达到收敛限很正常,只要看到结构还在明显变化就继续跑
用CG往往收敛得更快
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-30 10:38:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-24 13:31
对于CP2K的BFGS,几何优化60多步没达到收敛限很正常,只要看到结构还在明显变化就继续跑
用CG往往收敛得 ...

卢老师,在您的建议下,我切换成了CG,最后用了28核,跑了三天,任务结束了。但是energy看起来很震荡,最后才350步的时候看起来才趋于稳定。
请问一下,这个最后优化的结果可以用于下一步的能量计算吗?

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发表于 Post on 2025-1-1 01:12:33 | 只看该作者 Only view this author
honest 发表于 2024-12-30 10:38
卢老师,在您的建议下,我切换成了CG,最后用了28核,跑了三天,任务结束了。但是energy看起来很震荡,最 ...

从最后部分的收敛情况来看没问题。如果几何结构看起来也合理就可以跑后面的任务
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