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[GROMACS] 进行非动态平衡模拟遇到的问题,在石墨烯片上添加加速度,石墨烯片变形

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本帖最后由 ups223 于 2025-1-2 15:16 编辑

想用压力差的方式模拟盐水过滤,先尝试在进料侧放了盐水,对石墨烯片施加了加速度,但是跑了一下发现进料侧的石墨烯片变形了。
左侧是单层石墨烯,中间是膜右侧也是单层石墨烯都固定了坐标,左侧的GN固定了XY方向坐标。


有啥方法能让加压的单层石墨烯保持还是一个完整的平面啊?
求大佬解答,目前在拼命改系统符合审稿意见


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Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2025-1-8 11:28:55 | 只看该作者 Only view this author
在石墨烯itp文件末尾添加下面部分,这里前两列是从[bond]部分直接复制过来的,10000可以改成2000,或者自己调试出使得平面不发生波动的值。更多信息在论坛里搜索angle_restraints_z,是有帖子的,这里时间有限,不提供了。
[ angle_restraints_z ]
; #1 #2  type  theta0    fc     multiplicity
    1       2         1      90      10000     2
    1       6         1      90      10000     2
    1    3336         1      90      10000     2
    2       3         1      90      10000     2
    2      65         1      90      10000     2
    3       4         1      90      10000     2

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