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[GROMACS] 新手求助关于rdf的index的设置

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各位老师下午好,最近在学习gromacs,我想询问一下rdf中的供受体间的index是怎么设置的,下面是我看别人做的,但是始终没看懂是怎么选择考察计算组的,望各位老师能给予指导,万分感谢。

质心rdf.PNG (214.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

文章rdf

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捕获.PNG (47.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

文章分子模型

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发表于 Post on 2025-1-5 21:33:11 | 只看该作者 Only view this author
rdf没有受体供体的概念,那叫参考组、被计算组
图题明确说了,算的是质心之间的

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里质心间rdf的计算例子:



结合恰当的选择语句,可以计算相应区域的质心间的rdf
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-6 14:01:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-5 21:33
rdf没有受体供体的概念,那叫参考组、被计算组
图题明确说了,算的是质心之间的

谢谢老师指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-6 15:45:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师那个resname的定义是gro文件的还是top文件的,我想计算两个不同分子间的质心时,发现我找不到我top文件里的定义名称,这是哪一步有问题吗,望老师能予以解疑,万分感谢。

resname.PNG (14.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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nmdhunhe.gro

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hunhe.top

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发表于 Post on 2025-1-7 01:14:31 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2025-1-6 15:45
sob老师那个resname的定义是gro文件的还是top文件的,我想计算两个不同分子间的质心时,发现我找不到我top ...

从gro里来看,残基名都叫MOL,而你又没上传itp文件,光从top根本不知道[atoms]里的resname叫什么
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-7 14:34:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-7 01:14
从gro里来看,残基名都叫MOL,而你又没上传itp文件,光从top根本不知道[atoms]里的resname叫什么

老师我就是从这两个itp文件里的resname部分定义就可以了吗

bwb.itp

30.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

dopamine.itp

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发表于 Post on 2025-1-8 03:21:21 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2025-1-7 14:34
老师我就是从这两个itp文件里的resname部分定义就可以了吗

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-8 13:04:19 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师指导

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