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[其它程序] 求助TRAVIS分析中得到CDF(combined distribution function)的问题

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最近阅读到金属离子的MD文献中我看到在分析完RDF后会接着分析CDF(combined distribution function),能够得到如下图所示的图,下图是文献(DOI: 10.1016/j.cplett.2017.11.056)中关于讨论锌离子和水上氧之间的CDF图,想请教老师如何通过TRAVIS来得到这个图的,尤其是纵轴有关O-Zn-O的角度分布这块是如何操作的?

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发表于 Post on 2025-2-16 01:07:55 | 只看该作者 Only view this author
这种事自己写个VMD tcl轨迹分析脚本就能搞定。对每一帧都计算横、纵坐标对应的几何参数,然后转化成二维概率分布,再画出填色图就完了,可参考下文ddtdp的用法
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-16 09:24:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-16 01:07
这种事自己写个VMD tcl轨迹分析脚本就能搞定。对每一帧都计算横、纵坐标对应的几何参数,然后转化成二维概 ...

谢谢SOB老师,我尝试一下

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