分子自组装模拟，rerun能量分解存疑

zzw1113978626

单种阴离子染料分子自组装模拟，通过rerun能量分解之后，得到的分子间范德华和静电作用的总和为正，但是从模拟轨迹显示分子又发生聚集
进行的rerun方式如下，模拟的盒子是6*6*6的盒子，rerun.mdp文件
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -o A.xtc
gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -n -o A.gro
gmx grompp -f energy.mdp -c A.gro -p A.top -o A.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -s A.tpr -rerun A.xtc -e A.edr -v

A代指染料分子

MDP文件
rerun.mdp (2.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2025-3-20 20:54 上传 Uploaded

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如果方法正确，同时还存在疑虑是，分子间总能量为正值，为什么分子还会聚集。
感谢各位老师的答疑！！

miove

gromacs 计算出的分子间相互作用能数据不对是什么原因
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=76007
(出处: 计算化学公社)
求助：rerun轨迹后分析相互作用，该怎样设定参数
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=76007
(出处: 计算化学公社)
读一下社长的回复

zzw1113978626

miove 发表于 2025-4-12 01:22
gromacs 计算出的分子间相互作用能数据不对是什么原因
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

谢谢！报名了社长的gromacs培训班，对于这部分已经理解了