最近用Gromacs运行charmgui得到的文件出错分析

stevenabing

最近用charm-gui生成了进行分子动力学时的文件，确实方便，生成文件下载后，解压，具体的执行里面有个README文件，这个文件实际上就是一个执行的脚本，可以说像以前的傻瓜相机，拿来就用，不过刚开始不熟悉总是报错，最终仔细分析，这么大一个网站，写的脚本绝对不会出错，肯定是哪里误解了，仔细一瞅，原来在第一步就出错了，第一步一错，没有生成的文件，后面的计算依靠前面的。怎么出错的了：
第一，ＲＥＡＤＭＥ文件最好使用ｄｏｓ２ｕｎｉｘ，最好所有的文件都转换一下，没有ｄｏｓ２ｕｎｉｘ，可以自己安装一个，很简单的。
第二，注意那个脚本第一句，#!/bin/csh，要用ｃｓｈ，不是我们常用的ｂａｓｈ，没有ｃｓｈ也安装一下吧。
第三，在ｍｉｎｉｍｉｚａｔｉｏｎ时，脚本用的是双精度的，既gmx＿ｄ mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}，如果编译的ｇｒｏｍａｃｓ不是双精度，这里就错了，所以后面就全错了，这里把ｇｍｘ＿ｄ的修改为单精度就一切搞定了，gmx mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}

所以，如果是单精度，正确的方式为：
将README中的gmx_d mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}改为gmx mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}
然后：
sudo chmod +x README
dos2unix *.*
csh README

student0618

Linux的话可用vim打开然后

1. :set ff=unix
   
2. :wq

复制代码

我以前用CHARMM-GUI时很不喜欢他README的protocol，用他当template再修改的，也把mdp的equilibration protocol换成NPT。反正要改，于是也顺便把他的csh指令改为bash。改好的bash脚本可以直接搬去取代新下载的README文件，因为他生成的文件名都一样。

用CHARMM-GUI力场文件库也算是齐全，要给同一体系生成多个MD软件的输入文件作比较也很便捷，例如以前我要比较gmx跟NAMD跑某个体系就用他。但普通蛋白体系的话，他不支持gmx的十二面体盒子，下载后editconf重新solvate反而更繁琐，后来就很少用了。