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[GROMACS] 模拟氧化铝狭缝内流体行为无法复现文献,求助氧化铝力场文件编写

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本帖最后由 方方方 于 2025-5-29 12:44 编辑

各位老师好,本人最近在模拟氧化铝狭缝内流体行为的时候,在计算氧化铝表面羟基取向时,得到的结果(图1),一直和文献中(图2和图3)复现不上(得不到水平的90°角),在检查拓扑文件无误之后,也确认了并非是mdp文件中约束的问题(目前已经设置为none)。百思无果,我在想是否是因为我在写氧化铝力场参数的时候,是对单晶胞写的拓扑文件,请各位老师批评指正

angle_distribution.png (37.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

图1

图1

纯水-羟基取向分布.png (84.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

图2

图2

纯水-羟基分布.jpeg (170.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

图3

图3

模型.png (504.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

模型

模型

Al2O3.itp

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发表于 Post on 2025-5-29 12:05:06 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “氧化铝力场文件编写” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-5-29 12:07:01 | 只看该作者 Only view this author
没有结构文件或者截图,别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞,不可能只给gromacs提供一个单胞的itp文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 12:39:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-29 12:07
没有结构文件或者截图,别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞,不可能只给grom ...

谢谢sob老师,我把拓扑文件补上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 12:40:41 | 只看该作者 Only view this author
不知道为啥一直说有不良信息

202505291240326261..png (16.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

202505291240326261..png

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发表于 Post on 2025-5-29 17:05:41 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-5-29 12:40
不知道为啥一直说有不良信息

当然对超胞产生
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ16
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-9 20:30:32 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,我在采取了您的意见之后,使用超胞生成itp文件,但我在分别使用Sobtop生成itp文件的时候,发现Sobtop会无法识别其中部分的Al原子。除此以外,我在翻看Sobtop产生的拓扑文件时,发现其对bond和angle的连接关系存在误判,从而导致出现了下面这个问题:
The largest distance between excluded atoms is 1.974 nm between atom 468
  and 723, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies. If you expect
  that minimization will bring such distances within the cut-off, you can
  ignore this warning.

202506092030223714..png (2.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

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发表于 Post on 2025-6-9 23:44:58 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-6-9 20:30
谢谢sob老师,我在采取了您的意见之后,使用超胞生成itp文件, ...

要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确,要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据。这不叫误判,根本不是sobtop的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 09:46:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确,要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

好的sob老师,我再回去看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 11:41:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确,要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

,sob老师,我回去检查了下,发现应该是我的载入文件的问题,在我载入文件中有14个铝原子,但是仅有4个铝原子被识别正确(同6个O连接),其余10个铝原子均被识别为7个键连接
我把我的结构文件(这个是通过multiwfn生成的)和在sobtop里面增加的相关内容贴在下面,不知道sob老师能否看一下哪里有问题
assign_AT.dat
  1. $Al_Al2O3 1.575
  2. nbond 6
  3. element Al

  4. $O_Al2O3 -1.05
  5. nbond 4
  6. element O

  7. $Oh_Al2O3 -0.95
  8. nbond 3
  9. element O

  10. $Ho_Al2O3 0.425
  11. nbond 1
  12. element H
复制代码
LJ_param.dat
  1. ; AL2O3-CLAYFF
  2. Al_Al2O3  2.39723     1.3297E-06    ;Al in bulk Al2O3
  3. O_Al2O3   1.7766      0.1555                   ;O in bulk Al2O3
  4. Oh_Al2O3  1.7766      0.1555            ;O in surface
  5. Ho_Al2O3   0.00        0.0000                   ;H in surface
复制代码
bonded_param.dat
  1. ;Al2O3
  2. Oh_Al2O3-Ho_Al2O3        554.1348        1.000
  3. $ANGLE
  4. Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Ho_Al2O3 7.5 110.0
  5. Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Al_Al2O3 400.0 100.0
复制代码


Al2O3-1.pdb

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发表于 Post on 2025-6-10 11:59:43 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-6-10 11:41
,sob老师,我回去检查了下,发现应该是我的载入文件的问题,在我载入文件中有14个铝原子,但是仅有4 ...

首先确保pdb里盒子正确,以能够正确判断出跨盒子的键
其次,如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系对当前体系不合理,应当自行设置bondcrit.dat文件,指定原子间距离在多少范围内被判断为成键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-11 20:07:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-10 11:59
首先确保pdb里盒子正确,以能够正确判断出跨盒子的键
其次,如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系 ...

谢谢sob老师,这个我回去解决了,的确是出现了误判,导致Al-Al被错误判别形成了键

本版积分规则 Credits rule

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