聚集体RMSD的疑惑

JefferSon

Sob老师，各位老师同学大家好

最近我在做从cgmd/dpd自组装后backward回aamd的聚合物自组装模拟，然后不同亲水长链形成的cluster具有不同的聚集数（例如：1，2，5），目前我取其md稳定后算聚合物某段结构（例如里面的一个苯环）的rmsd。

我的想法是“是否应该对rmsd进行聚集数归一化呢”，因为虽然rmsd已经对总原子数N进行了归一化，但是考虑到不同聚集数下结构相对运动的影响也不能忽视，（比如说1链的偏差10%，5链每链偏差5%，但是因为结构更大了，所以rmsd结果反而是后者更大的）。

谢谢Sob老师和各位老师同学，祝大家研运昌隆