umbrella sampling的pull code该怎么写

霜晨月

之前是照着Justin Lemkul的tutorial做的，他那个教程是用拉伸动力学将两条链拉开，固定其中一条链，拉走另一条链，然后选取中间构象做umbrella sampling。他的pull code是这样的：

define      = -DPOSRES_B （他这里把B链固定住了，为什么？前面做SMD拉伸时当然要固定B链，现在为什么还要固定？）
; Pull code            
pull                    = yes      
pull_ngroups            = 2
pull_ncoords            = 1
pull_group1_name        = Chain_B
pull_group2_name        = Chain_A
pull_coord1_type        = umbrella      ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry    = distance      ; simple distance increase
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_rate        = 0.0
pull_coord1_k           = 1000          ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_coord1_start       = yes           ; define initial COM distance > 0


我的这些构象不是SMD得到的，这个体系也没做过SMD。
pull-group1和pull-group2该怎么定义呢？pull_coord1_geometry还是写distance吗？pull_coord1_dim是不是该写 Y Y Y ？
还有，还需要固定住蛋白的一部分吗？我也不知道该固定哪一部分

要是哪位老师提供一个pull code的例子就好了，不胜感谢