关于计算扩散系数的溶质数量问题

hzx

1.我想请教一下各位老师大神，我用Gromacs计算不同温压下CO2在水中的扩散系数，我大致固定水的数量，根据不同温压下的溶解度计算CO2数量，根据水的数量计算盒子体积（大约60个CO2和3000个水，盒子体积，不同温压固定在4.6*4.6*4.6nm）不知道这样操作流程对吗？
              
2.后续在固定的2°C，3MPa下加入不同浓度sss（对苯乙烯磺酸钠）计算CO2在溶液中的扩散系数，（跟水和不同浓度比较看规律），想问问我确定3000个水和4.6nm的盒子，怎么确定SSS的数量和CO2的数量，SSS  :   用目标浓度 × 盒子体积 → 得到该体系里应该放多少摩尔的 SSS,    摩尔数 × 阿伏伽德罗数 → 得到 SSS 分子数这样计算吗，我SSS浓度在（1-10mmol/L）计算出来SSS数量不到1个，这个怎么解决；我听老师提了一嘴摩尔分数我不太理解，望赐教
  CO2：加入SSS后,溶液密度变了，怎么确定CO2数量，可以由于SSS浓度低，加入少，近似用水的1来计算吗，感谢大神不吝赐教

sobereva

1 先跑NPT模拟一个足够大的水盒子，等盒子尺寸平稳后，按照体积和溶解度算出来要加的CO2数目，通过gmx insert-molecules结合-replace进行水->CO2的替换

2 如果算出来某个分子1个都不到，直接忽略就完了。极微量的sss不可能对平均的CO2的扩散系数产生什么影响。而且水分子那么多，就算加一个也不可能对密度有什么可查觉的影响。