计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 297|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 如何利用 Gaussian 计算小体积分子的静电势

[复制链接 Copy URL]

62

帖子

0

威望

605

eV
积分
667

Level 4 (黑子)

本帖最后由 sarphuart 于 2025-10-15 19:57 编辑

各位老师好,我想模拟三个质子化氨基和有机分子在伸展状态和卷缩状态(不同分子体积)的一个静电势,但有一个问题,使用 Gaussian 进行 opt+freq 之后,原先构象都会由初始建模的卷缩(小体积),变成最后的舒展状态(大体积)。而我需要伸展和卷缩状态的静电势对比。除了手动卷缩初始结构,还做过简单的构象搜索,没有匹配出三个质子化氨基的构象,请问各位老师有什么好办法能够保持卷缩分子的小体积,又很较好地计算出分子的静电势?


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-10-15 13:04:11 | 只看该作者 Only view this author
freq不要写成fre
只有构象搜索,没有“构象检索”一词
位阻作用、静电互斥,自然会导致分子自发伸展开,非要计算一个根本不存在的蜷缩的构象毫无意义。非要优化这种只能用限制性优化,看
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

605

eV
积分
667

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-15 17:46:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-15 13:04
freq不要写成fre
只有构象搜索,没有“构象检索”一词
位阻作用、静电互斥,自然会导致分子自发伸展开, ...

好的,谢谢老师,以后会注意,我去试试限制性优化

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 02:20 , Processed in 0.238198 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list