求助使用GMX的dipoles命令得到的有机薄膜相对介电常数不合理

Yaocy

各位老师好，我在三维周期性、NPT条件下对由两种有机小分子组成的无定形薄膜进行了MD模拟，随后使用gmx的dipoles命令尝试提取该体系的相对介电常数，预期这个值应该在3~5左右。但是最终得到的结果是1左右，尝试对几个体系进行计算都是类似的结果，其中一个体系的命令和输出内容如下，请问老师可能是哪里出现了问题，谢谢。

1. 输入命令：
   
2. gmx_mpi dipoles -f NPT_anneal.xtc -s anneal.tpr -temp 300
   
3. 
   
4. 输出内容：
   
5. Using 5 as mu_max and -1 as the dipole moment.
   
6. WARNING: EpsilonRF = 0.0, this really means EpsilonRF = infinity
   
7. Selected 0: 'System'
   
8. There are 3200 molecules in the selection
   
9. Average volume over run is 2325.79
   
10. 
    
11. Dipole moment (Debye)
    
12. ---------------------
    
13. Average  =   4.4105  Std. Dev. =   0.8498  Error =   0.0002
    
14. 
    
15. The following averages for the complete trajectory have been calculated:
    
16. 
    
17. Total < M_x > = -17.2694 Debye
    
18. Total < M_y > = 60.8116 Debye
    
19. Total < M_z > = 174.443 Debye
    
20. 
    
21. Total < M_x^2 > = 941.47 Debye^2
    
22. Total < M_y^2 > = 4290.05 Debye^2
    
23. Total < M_z^2 > = 31054.3 Debye^2
    
24. 
    
25. Total < |M|^2 > = 36285.8 Debye^2
    
26. Total |< M >|^2 = 34426.7 Debye^2
    
27. 
    
28. < |M|^2 > - |< M >|^2 = 1859.11 Debye^2
    
29. 
    
30. Finite system Kirkwood g factor G_k = 0.0298666
    
31. Infinite system Kirkwood g factor g_k = 0.029122
    
32. 
    
33. Epsilon = 1.08084

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goldNAN

因为没有考虑epsilon_infinity 可以考虑用折射率的平方代替

Yaocy

goldNAN 发表于 2025-10-20 12:02
因为没有考虑epsilon_infinity 可以考虑用折射率的平方代替

好的，谢谢老师