如何在体系中加入显示溶剂模型

Ruzhuang

各位老师好，我在做完动力学的模拟以后取最后5ns的去水轨迹进行进一步的量化分析，也就是说去水以后的是隐水模型，我想继续用gaussian继续产生波函数，进而用sob老师的Multiwfn做一下IGMH的分析,我想在gview针对于这个体系重新加上显水模型，有没有什么办法。也看过sob老师的帖子，肯定有人会有疑问：为什么不从md中直接保存显水的轨迹？因为体系是大分子生物体系，显水体积太大，我是针对于作用界面比较明显的区域来进行IGMH的分析，谢谢各位大佬解答，我目前截断完以后，模型原子200左右，另外想问一下加上溶剂模型是否可以算的动？

wzkchem5

可以从含水分子的轨迹里截取一个较小的显式溶剂化团簇（例如VMD里有语句可以选择与待研究分子距离在某值以内的所有水分子）。不是只有“保留全部水分子”和“去掉全部水分子”两个极端。虽然截断完再补水（例如用ORCA的solvator模块，或者packmol等）也是可以的，但都不如MD模拟的水分子构型更真实。
只需要算IGMH的话，尤其如果用superposition of atom密度，耗时很小

sobereva

结合下文提到的VMD选择语句（尤其是恰当利用比如same resid as within 4 of ...），就能把溶质连同最近一或两层配位水取出来。比起自己之后单独再加显式水强百倍
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）