请教确定多肽整体所带电荷的方法

王涛

我是材料专业的，现在在接触生物信息邻域。我的体系是一个长度小于10的短肽，环境PH=7。我目前确定我多肽的整体所带电荷的方法是：环境PH=7时，天冬氨酸、谷氨酸以去质子化形式存在，赖氨酸、精氨酸以质子化形式存在。HIS默认以HIE的形式存在。序列每有一个天冬氨酸、谷氨酸，整体电荷数-1；每有一个赖氨酸、精氨酸、组氨酸，整体电荷数+1。
我的老师说，我这个方法看的是单个氨基酸，当它们形成肽键之后情况可能不一样。
我的问题是：
1.我不知道在生信邻域考虑多肽整体所带电荷数的时候是不是和我的方法是一致的呢？我这个方法用于短肽整体电荷数判断是否正确？
2.分子对接时，会用amber/Gromacs跑动力学模拟（ MD ），在这一步完成质子化。我想问这一步时是系统自动对我氨基酸的残基进行质子化/去质子化然后计算整体所带电荷数；还是得我自己人工先对模型进行质子化/去质子化操作然后程序帮我算整体所带电荷数呢？在跑MD时是不是有设置环境PH这一步呢？

student0618

力场中例如His的三个可能(HIE/HIP/HID)，它们的残基拓朴不同，一般先用例如PDB2PQR或H++按目标pH质子化再放MD。或者自己改残基名让程序按拓朴补氢，或者自动按氢键网络加氢。

MD中constant pH MD是比较advanced的方法，一般情况未必需要。

王涛

student0618 发表于 2025-12-24 12:00
力场中例如His的三个可能(HIE/HIP/HID)，它们的残基拓朴不同，一般先用例如PDB2PQR或H++按目标pH质子化再放 ...

主要我以后想搭个深度学习模型，以后有大量结构要考虑质子化/去质子化。能否有什么工具或者脚本批量快速处理呢？

student0618

王涛 发表于 2025-12-24 21:53
主要我以后想搭个深度学习模型，以后有大量结构要考虑质子化/去质子化。能否有什么工具或者脚本批量快速 ...

如果直接跑MD可直接pdb2gmx让GROMACS自动加氢。

或者用命令行工具如 pdb2pqr ，可指定目标pH预测质子化，生成的文件可选指定力场的atom naming，Amber 及GROMACS都可以用它给的结果。

王涛

student0618 发表于 2025-12-24 23:29
如果直接跑MD可直接pdb2gmx让GROMACS自动加氢。

或者用命令行工具如 pdb2pqr ，可指定目标pH预测质子 ...

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