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[GROMACS] gromacs蛋白质小分子配体分子动力学模拟氢键数量为0求助

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通过ff14sb和GAFF给蛋白质和小分子配体添加,采用sobtop给小分子添加拓扑。整个动力学模拟过程中没有报错,整个体系运行了100ns。运行结束后对RMSD,RMSF,氢键,Rg分别进行分析,结果如下。RMSD结果显示,该体系已经平衡。但是氢键数量在有的时间段为0,这和我看到的SCI论文不一致。想知道发中药复方网络药理学方向的纯干实验SCI论文,氢键数量必须在整个模拟过程中(100ns)内均存在吗(至少一个)?以及我应该如何针对我出现的结果进行重新模拟或是进一步分析?

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发表于 Post on 2025-12-27 16:33:23 | 只看该作者 Only view this author
看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-12-27 19:06:41 | 只看该作者 Only view this author
VMD多看看轨迹,看看配体和蛋白的相对位置,有没有发生配体和蛋白的结合什么的。而且VMD可以显示选中蛋白和配体,以氢键模式显示,可以看到有没有氢键。

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发表于 Post on 2025-12-28 08:14:10 | 只看该作者 Only view this author
网上答疑时,老看到有人提问时光拿曲线说事,非要靠RMSD曲线或其它曲线猜测是什么情况;而明明有直观的轨迹却不拿VMD看一眼,令我费解。包括量子化学领域也是,老是有人光拿IRC能量曲线,或者能量收敛曲线情况来提问,就是不看结构变化轨迹弄清楚过程发生了什么。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-28 19:36:07 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-12-27 16:33
看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。

好的,感谢

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