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[GROMACS] 求助做离子液体加锂盐的体系时锂离子发生聚集

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楼主
各位老师好,我现在在做离子液体加锂盐的体系,我在进行升温结束并没有发展锂离子聚集,但是nvt降温的时候发现锂离子发生了聚集现象,请问这个是因为力场参数原因还是其他的原因

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发表于 Post on 2025-12-29 11:32:18 | 只看该作者 Only view this author
用的是什么力场?浓度?
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-29 18:19:57 | 只看该作者 Only view this author
感谢回复,我用的是opls_aa力场,锂盐浓度都是0.25M

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发表于 Post on 2025-12-30 09:16:42 | 只看该作者 Only view this author
0218jx 发表于 2025-12-29 18:19
感谢回复,我用的是opls_aa力场,锂盐浓度都是0.25M

1. 没有重现溶剂的介电作用,通过电荷缩放找补偿。
2. 我猜测是因为你用的NVT降温,盒子出现真空区,导致部分粒子聚集。
这种需要松弛盒子和重现配位数的体系,退火用NPT啊。

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发表于 Post on 2025-12-30 10:43:41 | 只看该作者 Only view this author
对于力场搭配的原子电荷不唯一的情况,诸如你的情况,必须主动说清楚用的什么原子电荷,这对于静电相互作用的描述以及动力学特征至关重要

降温没有理由用NVT而不用NPT。本来液体都有一定热膨胀系数,不控压的话降温后自然密度不合理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-30 15:50:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-30 10:43
对于力场搭配的原子电荷不唯一的情况,诸如你的情况,必须主动说清楚用的什么原子电荷,这对于静电相互作用 ...

感谢答复,那老师我用的是OPLS-AA力场,粒子有EMIM,TFSI,NO3,FSI,PF6,电荷都经过0.8缩放,我现在想在nvt阶段进行升温与降温,然后在npt阶段跑到预计的密度,再进行正式模拟,这样可以吗,那它出现了锂离子聚集是什么原因阿

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-30 15:54:09 | 只看该作者 Only view this author
yuzc 发表于 2025-12-30 09:16
1. 没有重现溶剂的介电作用,通过电荷缩放找补偿。
2. 我猜测是因为你用的NVT降温,盒子出现真空区,导 ...

感谢回复,那我先想nvt里面降温然后再在npt里面压到合适密度不可以吗

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发表于 Post on 2025-12-31 00:37:06 | 只看该作者 Only view this author
0218jx 发表于 2025-12-30 15:50
感谢答复,那老师我用的是OPLS-AA力场,粒子有EMIM,TFSI,NO3,FSI,PF6,电荷都经过0.8缩放,我现在想在nvt ...

电荷都经过0.8缩放” 还是没确切描述,相对于怎么得到的原子电荷做的缩放根本没说清楚
看下文的综述了解原子电荷常识
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html

推荐尝试GAFF或GAFF2结合RESP2(0.5)电荷,其中计算溶剂环境下的RESP原子电荷时可以用SMD模型表现溶剂环境。拓扑文件用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建
参考
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html

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发表于 Post on 2026-1-4 15:04:46 | 只看该作者 Only view this author
0218jx 发表于 2025-12-30 15:54
感谢回复,那我先想nvt里面降温然后再在npt里面压到合适密度不可以吗

不可以,进入聚集状态的势阱后就出不来了。
当然,对于专业搞MD的我们还是有办法让这个态重新回到它应该分散好的状态的。比如NPT下多圈循环退火,但是这么做不如直接你用NPT退火了。

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