分子动力学模拟出现周期性震荡如何正确处理？

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2026-1-5 09:35:02

本帖最后由 yaoyuan0711 于 2026-1-5 09:38 编辑

各位老师好！

我在模拟乙酸乙酯（EA，2000个，Sobtop产生GAFF力场）作为溶剂，烯烃（DCPD，20个，Sobtop产生GAFF力场）和Zn类卡宾（80个，Sobtop产生GAFF和UFF力场，mSeminario method）的体系。

从0K缓慢升温到333K的过程中，温度、压力和盒子大小都出现周期性震荡？检查每个分子的结构也没有不合理的地方

后续产生相如果去掉控压就正常了，可以这样直接NVT下模拟吗？

Myth · 发表于 Post on 2026-1-5 11:22:28

1. 模拟时间看起来有点短，只有0.3 ns，可以延长一下看看压力的情况，振幅看起来是在变小的；另外MD过程中温度和压力有波动非常正常；
2. 控压方法有好几种，在gromacs的手册或者安装路径有详细的说明，可以进行测试，旧版本的说明文件路径供参考：gromacs-4.6.7/share/gromacs/html/online/mdp_opt.html；
3. 控压的npt进行一段时间，模拟体系稳定后，可以考虑后续的计算采用nvt系综的，蛮多文献是这么操作的。不过也要看自己的模拟系统，不能盲从。

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-6 00:53:43

你这不算是“周期性”的震荡，本来NPT计算压力就不可能不震荡。体系越小震荡幅度越大

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2026-1-6 11:00:26

Myth 发表于 2026-1-5 11:22
1. 模拟时间看起来有点短，只有0.3 ns，可以延长一下看看压力的情况，振幅看起来是在变小的；另外MD过程中 ...

谢谢老师。问个题外话，为什么NPT系综完成后，还要用NVT采样呢？直接对NPT采样有什么问题？

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2026-1-6 11:00:47

sobereva 发表于 2026-1-6 00:53
你这不算是“周期性”的震荡，本来NPT计算压力就不可能不震荡。体系越小震荡幅度越大

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-6 23:11:45

yaoyuan0711 发表于 2026-1-6 11:00
谢谢老师。问个题外话，为什么NPT系综完成后，还要用NVT采样呢？直接对NPT采样有什么问题？

一般不需要特意切换成NVT，除非算的某些问题就是不兼容MD过程中盒子尺寸发生变化

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