sobtop生成金属蛋白时如何通过intermolecular_interaction字段将小簇嵌入原蛋白

小老弟 · 发表于 Post on 2026-1-8 17:21:45

各位大佬好！本人初入分子动力学模拟领域，身边师兄师姐也没人在做这个方面，遇到了好多问题，想请教各位大佬，希望不吝赐教！谢谢各位大佬了！
最近我在根据这两篇（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11）与（http://bbs.keinsci.com/thread-39848-1-1.html）学习金属蛋白-配体的分子动力学模拟。我的蛋白是一个4个相同亚基构成的四聚体蛋白，每个亚基都有一个锌离子，结构如下附件1所示。
目前我已经完成了小簇的提取、优化与利用sobtop构建拓扑结构（四个小簇的itp文件如附件2-5所示），卡在了不知道如何通过[intermolecular_interaction]字段将提取的小簇嵌回原蛋白。
请问在这一步时，我是只需要在不包含锌离子的完整蛋白质的top（附件6）文件中 ; Include chain topologies 部分将小簇的itp文件给include进去就可以不需要再添加[intermolecular_interaction]字段，还是不仅需要将itp文件include进去同时需要再编写蛋白质中和锌离子相互作用的氨基酸的[intermolecular_interaction]放在top结构最后呢？希望大佬可以指点迷津！

APOBEC2.rar (257.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainA_jiequ.itp (26.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainB_jiequ.itp (21.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainC_jiequ.itp (26.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainD_jiequ.itp (21.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top (1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-9 00:49:18

我没时间具体看你的文件，只能告诉你如果你不恰当定义[intermolecular_interaction]，那么蛋白质和簇之间就只有非键作用。如果要指定化学键作用，就必须靠[intermolecular_interaction]在不同[moleculetype]对应分子之间添加成键相关的项。

小老弟 · 发表于 Post on 7 day ago

sobereva 发表于 2026-1-9 00:49
我没时间具体看你的文件，只能告诉你如果你不恰当定义，那么蛋白质和簇之间就只有非键作用。如果要指定化学 ...

谢谢sob老师的解答！
这几天学生尝试了按照下面图片中的添加方式，向后继续进行分析，但学生一直有以下疑问，希望老师能够指点！
1）在截取出含金属离子小簇时，小簇不仅包含金属离子还包含截取的氨基酸残基。在对纯蛋白质部分生成拓扑结构时，只剔除了金属离子。学生疑惑在将金属小簇嵌入纯蛋白时，是存在一定的重复残基的，请问这部分重复是如何通过嵌入消除的呢？
2）学生通过以下图片中方式添加金属离子时，是否需要将金属离子的坐标等信息像配体一样加入complex.gro文件呢?
希望sob老师能够指点指点学生！学生万分感激！

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