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[GROMACS] 求助:计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程,NPT之后盒子缩小后处理的问题

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各位老师好!我现在正在使用Gromacs计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程,分别打算使用MD和MD之后的NEMD方式(gromacs中的acce组和pull组)对其性质进行分析。我采用的具体模拟步骤是在几何优化之后选择NPT系综模拟,首先将系统0k升温到298k花费1ns,然后再平衡态跑5ns,xy方向控压z方向不控压,采用压浴方式为Berendsen(因为这个还没到我想要分析的内容,届时换成C rescale),可压缩系数为水的可压缩系数。获得的初始结构和结束结构如图:为了对比我也跑了纯NVT的结构


我的问题是:1.首先在xy方向控压之后,pbc的盒子出现了明显的缩小,这也在预期之内,但是如何理解已经在pbc box外的石墨烯?这些石墨烯如果选择wrap进晶胞的话会发现好几层叠在一起,这个和我一开始模拟的结构明显不同,这个会有影响么?
2.在MD平衡态模拟结束后我准备添加Pull组或者加速度到水分子让其沿特定方向移动,模拟水过膜的流程,在这个过程中Pull和加速度对水分子的作用是否相同?在NEMD时候,我的模型已经是NPT优化之后的pbc 盒子缩小导致外边缘暴露出的石墨烯wrap进盒子会多层,那么这种情况下我是否需要重新构筑一个新的top文件,再将pbc box外围多出来的石墨烯切割掉重新进行NEMD模拟呢?

感谢各位老师百忙中的解答!

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发表于 Post on yesterday 19:40 | 只看该作者 Only view this author
先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算,即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是这样,肯定要把原子wrap进盒子再观看

要么用pull,要么设常加速度组,不能两个都作用到水上。
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 19:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-22 19:40
先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算,即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是 ...

谢谢社长的回复,我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的,在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了,并且wrap in盒子之后发现有很多层石墨烯,那这样的结构是不能再用来计算后面步骤的么?

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发表于 Post on 20 hour ago | 只看该作者 Only view this author
Yiliuvito 发表于 2026-1-22 19:54
谢谢社长的回复,我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的,在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了, ...

模拟正常的情况下,不会有这种现象
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