NVT平衡后离子通道蛋白解体，配体脱离盒子怎么解决？

Dililutata · 发表于 Post on 2026-1-31 16:58:58

如图所示，charmm36m力场的离子通道蛋白，在NVT平衡后蛋白质散开了，并且配体也都出现在盒子外面，NVT平衡前和平衡后的图片都已上传，希望各位老师帮忙看一下，非常感谢。

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-31 19:52:39

很可能只是pbc的事，想确认是否pbc问题vmd 显示其他image看看

Dililutata · 发表于 Post on 2026-1-31 22:05:58

student0618 发表于 2026-1-31 19:52
很可能只是pbc的事，想确认是否pbc问题vmd 显示其他image看看

谢谢您，我把x、y平面的image显示出来了，看上去好像没什么问题

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[GROMACS] NVT平衡后离子通道蛋白解体，配体脱离盒子怎么解决？