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[CP2K] 求助:cp2k使用SCCS怎么能将显式水分子与隐式溶剂化模型耦合,以准确反映体积介电环境

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本帖最后由 yuzhang 于 2026-2-4 09:36 编辑

各位老师好,我做了显式水和碳纳米管的气固体系研究PPCPs的吸附,在结构优化中没有加隐式溶剂化模型,现审稿人要求添加AIMD或是显式水分子与隐式溶剂化模型结合。
因为分子数太多也不稳定,AIMD尝试都失败了。然后直接用之前结构优化的结构上算了加SCCS的能量(RUN_TYPE ENERGY),但是吸附能结果都是正的。之前单加了显示水的吸附能是负的,单加溶剂化模型的也是负的。现在结合之后是不是属于过度计算,重复了;或者我理解错了审稿人的意思。还是这个结果是正常的,水分子本来就会竞争吸附位点。
麻烦各位老师指点,谢谢各位老师。
审稿人意见如下:The use of a static "explicit water" model is prone totrapping in local minima. The authors should validate the stability of waterconfigurations using short ab initio Molecular Dynamics (AIMD) simulations or,at minimum, couple the explicit water molecules with an implicit solvationmodel (e.g., SMD) to accurately reflect the bulk dielectric environment.
   &SCCS
      ALPHA [mN/m] 57.2
      BETA [GPa] -0.5
      GAMMA [mN/m] 0.0
      DIELECTRIC_CONSTANT 78.36
      EPS_SCF 0.2 #SCCS is activated only if SCF iteration is converged to this threshold
      EPS_SCCS 1E-6 #Requested accuracy for convergence of polarization charge density iteration
      MAX_ITER 150 #Maximum number of polarization charge density iterations
      DERIVATIVE_METHOD CD5 #Method for calculation of numerical derivatives. Can be FFT, CD3, CD5, CD7
      &ANDREUSSI
        RHO_MIN 0.0001841
        RHO_MAX 0.0013604
      &END ANDREUSSI
    &END SCCS
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

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发表于 Post on 2026-2-5 14:32:16 | 只看该作者 Only view this author
1. “AIMD尝试都失败了”是什么意思?如果你要吸附能,aimd也是能求吸附自由能的
2. 个人意见一般显式水分子与隐式溶剂化模型结合只适合少量水分子和被吸附物质,你现在体系里面充满了水分子,隐式溶剂模型可能渗入水分分子间空隙,从而引入非物理的介电屏蔽效应。
3. 你现在的加了sccs计算都没收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-5 16:53:47 | 只看该作者 Only view this author
ultramanm87 发表于 2026-2-5 14:32
1. “AIMD尝试都失败了”是什么意思?如果你要吸附能,aimd也是能求吸附自由能的
2. 个人意见一般显式水分 ...

谢谢老师。
1.可能因为分子数太多了,中途查看结构都散了
2.请问有没有文献之类的参考。
3.谢谢老师提醒,我确实没仔细看,我会尝试修改参数

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发表于 Post on 2026-2-6 06:53:12 | 只看该作者 Only view this author
yuzhang 发表于 2026-2-5 16:53
谢谢老师。
1.可能因为分子数太多了,中途查看结构都散了
2.请问有没有文献之类的参考。

2. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b01174 https://doi.org/10.1016/j.cpc.2025.109563

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-6 09:35:49 | 只看该作者 Only view this author
ultramanm87 发表于 2026-2-6 06:53
2. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b01174 https://doi.org/10.1016/j.cpc.2025.109563

谢谢老师!

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