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[Linux] 求助,vmd误装到根目录导致库冲突

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各位大佬,本人安装vmd时误装到根目录下,导致库冲突打不开文件系统了
运行指令显示如下
sudo ldconfig
ldd /lib/x86_64-linux-gnu/libtracker-sparql-3.0.so.0 | grep sqlite
libsqlite3.so.0 => /usr/local/lib/vmd/libsqlite3.so.0 (0x000076a9cc400000)
sudo nautilus
nautilus: symbol lookup error: /lib/x86_64-linux-gnu/libtracker-sparql-3.0.so.0: undefined symbol: sqlite3_value_free


libtracker-sparql-3.0.so.0 依赖的 libsqlite3.so.0 被解析为 /usr/local/lib/vmd/libsqlite3.so.0,而非系统默认的路径(如 /lib/x86_64-linux-gnu/libsqlite3.so.0
求助是否有解决方案,重装Ubuntu能否解决此问题?

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
把VMD目录删掉再看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-7 06:09
把VMD目录删掉再看

老师,现在VMD目录无法打开,整个文件系统都打不开了

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发表于 Post on 前天 09:27 | 只看该作者 Only view this author
Bamind 发表于 2026-3-7 23:00
老师,现在VMD目录无法打开,整个文件系统都打不开了

我不用Ubuntu,如果此系统有救援模式,用救援模式在命令行里对文件进行操作
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 前天 15:24 | 只看该作者 Only view this author
用patchelf把libsqlite3.so.0重新链接到系统默认的so应该可以解决
无法挂载文件系统的话可以在livecd里面操作

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 08:36 | 只看该作者 Only view this author
Tenshi65535 发表于 2026-3-8 15:24
用patchelf把libsqlite3.so.0重新链接到系统默认的so应该可以解决
无法挂载文件系统的话可以在livecd里面 ...

谢谢老师,请问这样操作后VMD还能正常使用吗?不行的话可能直接重装系统了

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发表于 Post on yesterday 20:02 | 只看该作者 Only view this author
Bamind 发表于 2026-3-9 08:36
谢谢老师,请问这样操作后VMD还能正常使用吗?不行的话可能直接重装系统了

无法保证, 这个操作只能解决你这一个问题
不过推测也有别的so冲突问题 保险&便捷起见不如备份重装

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