求助：在计算自由基拓扑结构时遇到【 Error by link 9999】

卡卡-14 · 发表于 Post on yesterday 17:06

本帖最后由卡卡-14 于 2026-3-11 17:07 编辑

我想构建一个自由基态的底物，看这个底物在自由基态下的构象在MD模拟时会怎么变化。
这个自由基结构是原来的小分子失去一个氢之后形成的

ligand.mol2 (2.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
所以我根据自己对自由基的理解，把相应位置的氢直接删掉之后，然后保存成了mol2文件

radical.mol2 (2.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
在用社长的懒人脚本，去计算RESP。
我理解中自由基是中性不带电荷的
而且试了一下 [自旋多重度]为1会直接报错。
所以我输入的命令是
./RESP.sh radical 0 2
算了很久很久之后，计算还是报错了，

RESP.err (959 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)
请问该怎么解决？

卡卡-14 · 发表于 Post on 2 hour ago

好像解决了，我详细阅读了.out文件之后，发现是能量一直在两个结构间震荡，导致了【Number of steps exceeded, NStep=287】。步数走完了，但还没算好。结果就报错了。然后我选了最后一个优化的结构进行了下一步计算。
不过请问这种在两个结构间震荡导致步数走完的报错，有什么办法可以避免吗？

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