蛋白和小分子的分子动力学模拟（19sb+tip4p-d），top文件错误，不能进行能量最小化

syd · 发表于 Post on 2026-3-13 19:13:22

各位老师：
我想用Gromacs2024.1进行蛋白和小分子的分子动力学模拟，前期用acpype进行了小分子（含苯环）的预处理（acpype -i your_ligand.mol2 -a gaff -c bcc），后续使用gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh处理蛋白，使用的是19sb+tip4p-d的组合，因为19sb和TIP4P-D是后续下载的，在引入配体拓扑前将19SB下的TIP4P-D也整合在主拓扑中了。现在进行到gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2，出现以下报错，是不是top文件有问题了，该如何解决，谢谢。

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-13 19:27:34

本帖最后由 student0618 于 2026-3-13 19:29 编辑

那有cmap的版本要2025以后的gmx才支持。

2024 用这个http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-2.html

syd · 发表于 Post on 2026-3-18 21:08:25

您好，我用您提供的19sb兼容力场进行了替换还是不行，报一样的错误。

之前蛋白力场用amber99sb-ildn，不会出错。

自己后续尝试过的措施有：
1、下载安装兼容的19sb力场
2、在1的基础上，acpype时，将-a gaff换成-a amber
3、在1、2的基础上，将主top文件中的整个[cmap]字段删除。

仍然是一样的报错

现在怀疑，最大的问题是不是力场选择以及Gromacs不兼容，选择Amber14sb会不会好点？

主要想让模拟的精度再好点，有没有必要改变力场？还是以前的Amber99SB-ILDN就可以了？

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-18 21:15:45

换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？

没有实际文件很难猜，如果不用保密最好提供。

syd · 发表于 Post on 2026-3-18 21:22:18

本帖最后由 syd 于 2026-3-18 21:56 编辑

student0618 发表于 2026-3-18 21:15
换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？

没有实际文件很难猜，如果不用保密最好提供。

您好。我是请工程师帮我安装的（自己这方面能力有限），请问我该怎么提供“换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？”这方面的文件？我打开top文件，看见有19sb力场被引入，还需要引用其他的吗？我现在没在电脑跟前，明天我去看看，谢谢

xylhl · 发表于 Post on 2026-3-18 22:07:47

错误提示里说了，cmap.itp文件中有位置的原子类型。我的建议，按照错误提示解决，打开你的itp文件查看这个原子类型是不是有误，直接修改第60行的碳原子类型给它一个编号试一试

syd · 发表于 Post on 2026-3-18 22:12:07

xylhl 发表于 2026-3-18 22:07
错误提示里说了，cmap.itp文件中有位置的原子类型。我的建议，按照错误提示解决，打开你的itp文件查看这个 ...

我看过小分子的itp文件，第60行根本不是C。所以有点迷茫了

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-18 22:57:32

syd 发表于 2026-3-18 22:12
我看过小分子的itp文件，第60行根本不是C。所以有点迷茫了

topol.top 写什么？我2楼贴的连结解压后力场叫什么？

syd · 发表于 Post on 2026-3-19 10:27:07

student0618 发表于 2026-3-18 22:57
topol.top 写什么？我2楼贴的连结解压后力场叫什么？

老师，是这个吗？麻烦您帮我看一下

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-19 11:34:38

syd 发表于 2026-3-19 10:27
老师，是这个吗？麻烦您帮我看一下

是的。可以看看我二楼连结那力场包打开后叫什么。
include amber19sb.ff 那几行换成新的力场包名字

syd · 发表于 Post on 2026-3-19 12:04:22

本帖最后由 syd 于 2026-3-19 12:23 编辑

@student0618 ，老师，我把您提供的力场解压了，麻烦您告诉我一下是以下图片中的哪个名称吧？我是需要把我现在top文件的引用的力场删掉，换成您指明的力场名？还是保留引用现有的力场名，后面再引用您指明的力场名？需要替换或者添加力场名，是因为生成top文件时，还是选择的是Amber19sb的原生力场，而不是您提供的力场吗？是因为我安装您提供的力场的位置不对吗？

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-19 12:17:28

本帖最后由 student0618 于 2026-3-19 12:27 编辑

syd 发表于 2026-3-19 12:04
@student0618 ，老师，我把您提供的力场解压了，麻烦您告诉我一下是以下图片中的哪个名称吧？我是需要把我 ...

topol.top 的include写了什么？
解压后的力场包放同一目录后，topol.top中引用的include要换新力场包的名字。现在看9楼的图是amber19sb which is 2025版力场包的名字。

或者简单一点，删掉2025力场包，重跑pdb2gmx选2024兼容力场包

syd · 发表于 Post on 2026-3-20 16:51:12

@student0618 是您说的问题，现在已经用您提供的力场跑上了，十分感谢

syd · 发表于 Post on 2026-3-21 13:12:30

@student0618 您好，我已近跑完了模拟，想用gmx_MMPBSA进行能量计算以下是我的mmpbsa.in文件，出现以下报错，请问是什么原因呢

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