请教GROMACS退火异常的结构是否能够忽略

王涛

我的体系为短肽-铵根。我使用GROMACS对体系进行了退火操作，目的是用于后续的Molclus调用xtb批量优化，再用ORCA等软件计算结合能。
我的退火程序为一、加热 10 K → 400 K，用 50 ps 二、30 ps 400K高温平衡 三、冷却 400 K → 0 K，用 70 ps
循环100次，在每次降到0K的时候取帧
得到的结构用VMD观察，发现结构大约分为三类：1.铵根与短肽距离较近 2.铵根与短肽距离较远 3.短肽的结构键长异常。三者的比例大约是1：1：1
请问在这种情况下，能否忽视2.铵根与短肽距离较远 3.短肽的结构键长 异常的结构，能否忽视进行下一步的xtb批量优化呢？

student0618

先处理好pbc再分析及提取结构。

sobereva

如果用周期边界条件做动力学，要么动力学过程中要求消除体系平动，要么用trjconv结合-nojump去除周期性记录坐标，否则看着都费劲