蛋白-配体复合物动力学模拟，配体小分子含As原子如何处理？

mangmw · 发表于 Post on 2026-3-27 13:23:21

本帖最后由 mangmw 于 2026-3-28 10:42 编辑

各位前辈好，我需要进行蛋白-小分子配体的动力学模拟，配体含有砷原子（As）。
我进行常规小分子的处理是选择Multiwfn计算电荷，sobtop计算top、gro等文件。前期处理一切正常，到nvt/npt处理这里一直报错：Segmentation fault (core dumped)或者CUDA#700。
我猜测是因为小分子配体没有处理好导致。
请问这种情况下配体小分子具体应该怎么处理呢。
已上传复合物pdb原文件，带As小分子拓扑文件，复合物top/gro文件

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-27 23:20:58

没拓扑文件别人没法检查
先用纯CPU跑进行测试，并参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

mangmw · 发表于 Post on 2026-3-28 10:43:32

sobereva 发表于 2026-3-27 23:20
没拓扑文件别人没法检查
先用纯CPU跑进行测试，并参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

感谢老师提醒，我已上传小分子文件以及合并后的top/gro文件。
经排查应该是小分子处理的问题，但是无法确定应该怎么解决

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