kappa受体激动剂分子动力学模拟中PDB结构的选择请教

wqm

各位老师，我准备做一个配体与 kappa 受体的分子动力学模拟。这个配体是激动剂，我在 RCSB PDB 上看到 kappa 受体有不少结构，既有与激动剂结合的，也有与拮抗剂结合的，所以现在有点拿不准激活态和失活态到底该怎么选。所以想请教一下，建模时应该优先选择哪个 PDB 结构？这两类结构除了构象状态不同之外，在后续模拟结果和分析思路上一般会有哪些区别？如果配体本身是激动剂，通常更推荐从哪一类结构开始做？

student0618

同一个态的，看resolution、看pdb分析的quality、看有兴趣的位点哪个更完整更优质。

选哪个很看目的。是假设已激活看如何结合？(较容易) 还是模拟结合被激活过程？(较复杂)

wqm

student0618 发表于 2026-4-13 14:43
同一个态的，看resolution、看pdb分析的quality、看有兴趣的位点哪个更完整更优质。

选哪个很看目的。是 ...

感谢老师的回复。我的目的是想看配体跟kappa受体是怎样结合的，模拟体系稳定性，以及后续做结合能分析，但目前不知道结合位点，可能对接的时候会选择全包裹。这样的话是不是应该优先选激活态构象。

student0618

wqm 发表于 2026-4-13 15:25
感谢老师的回复。我的目的是想看配体跟kappa受体是怎样结合的，模拟体系稳定性，以及后续做结合能分析， ...

目的/假设要模拟的是机理的哪步还是不够明确。考察激活后的机理或作用就用激活后的，考察激活前能否/如何结合就用激活前的。
不过由于会有几个态，要expect蛋白有一定柔性，整体蛋白rmsd未必能体现稳定性。把激动剂放未激活的蛋白也有可能(但不一定)会开始trigger很小的conformation change。

不知道结合位点是可以用Blind docking，但也可以先用预测口袋的工具如fpocket或https://proteins.plus/的工具分析一下再对接。