报错：体系电荷带负电荷

微塑料 · 发表于 Post on yesterday 11:28

输入这个命令之后：gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p model.top -o em.tpr。出现报错：

。报错告知我体系的带负电荷，如果继续计算可能会受负电荷影响导致计算结果不准确。体系是纯分子没有离子，正常是不会出现负电荷的。请问：出现负电荷的原因？如何修改？

pal · 发表于 Post on yesterday 14:15

检查各个分子的itp，某个分子的总电荷不为0

K1ro · 发表于 Post on yesterday 15:52

纯分子也会电荷总和不为0啊，比如氨基酸残基HIS就有可能带电，检查总电荷，excel算一下

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[GROMACS] 报错：体系电荷带负电荷