关于使用gromacs进行批量模拟的可行性与步骤问题

Soulmate

各位大佬好，鄙人现在手上有100对蛋白质-配体的复合物需要模拟，请问是否可以通过编写脚本的方式进行复合物的批量模拟？

         
        对于小分子配体，鄙人决定还是按照ORCA/Multiwfn联用计算RESP电荷，再使用Sobtop生成小分子的拓扑文件，然后加入RESP电荷。  
        最后，与大分子蛋白组合生成新的复合物.gro文件和.top文件，接着进行能量极小化、预平衡和产生相。
      
        如果可行，请问怎样操作才能最大程度地提高工作效率，以及大致的步骤和注意事项是什么？
        谢谢大家！
      

student0618

基本的注意事项是

• Bash脚本把命令写进去，用各种sed awk cat head tail grep 等常用指令修改文件
• 非必要但让Project更整齐：自动化脚本为方便很多人习惯每一个stage 用相同名字的输入/输出文件，也可避免文件名太长。分开目录以免数据被覆盖，也方便后续处理。
• 确保输入文件Template正确、蛋白完整可用(或加入e.g. pdb2pqr/pdbfixer处理蛋白的步骤/脚本)
• 确保配体净电荷不是零的自动算对用来处理算Partial charge的量化输入文件
• 确保流程及mdp正确
• 确保不同软件的环境正确安装
• 理清是本地还是要在集群跑，集群的话最好有交作业的模板
• 根据目的，跑完MD要作什么后处理什么分析，分析用指令脚本预备好。
  

实作的话：

• 手写就是找个体系跑一遍把bash history直接复制贴上，文件名改variable。
• 理解自己在作什么又懂得找LLM agent的，知道自己要什么、文件放哪、权限设定好，自动就写好脚本、可能还自动跑完了。
• 我自己是先手写，后来直接让agent把工作流及脚本写成skill来用。
  

如果用agent的前提是要知道自己在做什么、可以受的风险等，不然是浪费时间及token。

Soulmate

student0618 发表于 2026-4-28 18:18
基本的注意事项是

Bash脚本把命令写进去，用各种sed awk cat head tail grep 等常用指令修改文件

没怎么写过脚本，听着有点复杂，但是还是有所收获，谢谢大佬

jackshoulder

什么研究需要跑100对蛋白-小分子的MD，你组里有这么好的资源在短时间内跑100组？先不谈体系大小，规整的（近似球形）蛋白-小分子复合物，100ns至少也得一天吧，一台机子。多台同时跑另提。那怕是提交给服务器，这机时，成本也不容小觑呢。你如果是做的虚拟筛选，完全没必要跑100组的MD。100组MD，so crazy

student0618

jackshoulder 发表于 2026-4-28 19:43
什么研究需要跑100对蛋白-小分子的MD，你组里有这么好的资源在短时间内跑100组？先不谈体系大小，规整的（ ...

看蛋白大小和用什么卡，小蛋白很可能的。

gromacs 2022-2024，RTX4090 跑个lysozyme / Bromodomain (少于200 residues) 至少可以 1300ns/day 以上，我跑10组每组4遍取平均当reference set很快跑完 (不过学校集群有不少卡是真的)。
用同一张4090， 跑 4 replica 的HREX 也可以200 ns/day。

大一点的Human serum albumin (585 residues) 同一张卡也可以跑540 ns/day，我做了个自动化workflow 直接10多个complex每个重复4遍也很快。

就是gmx_MMPBSA可能较慢了， 16 cpu 1000帧 5-10 小时，幸好当时假期集群不用排队。

其他较旧的GPU如2080 Ti 1080 Ti，我只用Amber跑过就不比较了。