做好了top文件以及水盒子，产生rtp文件总显示找不到对应二面角的参数

2329568177 · 发表于 Post on 2 hour ago

我构建好了非标准氨基酸，并用pdb2gmx成功生成了top文件（amber19sb力场），做好了水盒子，想产生tpr文件，总是说找不到二面角参数，这是什么原因啊

student0618 · 发表于 Post on halfhour ago

1. 二面角是dihedral不是 angle
2. 先说明建rtp的步骤，不然很难排查

2329568177 · 发表于 Post on 2 min ago

student0618 发表于 2026-5-5 18:24
1. 二面角是dihedral不是 angle
2. 先说明建rtp的步骤，不然很难排查

老师，我找到问题了，但还不知道怎么解决。我用 AmberTools 和 acpype 建的 rtp文件，非标准残基和标准残基相连能正常跑通，可两个非标准残基首尾相连就会报错。问题就是缺少这种连接方式对应的 [angles] 键角和 [dihedrals] 二面角参数。

2329568177 · 发表于 Post on 1 min ago

student0618 发表于 2026-5-5 18:24
1. 二面角是dihedral不是 angle
2. 先说明建rtp的步骤，不然很难排查

我想着在第一个非标准氨基酸残基的rtp文件中加入与第二个非标准氨基酸残基相连骨架的键角和二面角参数，不知道合不合理

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[GROMACS] 做好了top文件以及水盒子，产生rtp文件总显示找不到对应二面角的参数