三螺烯超分子大环过渡态优化时一直回到极小点

江月待何人

我的分子具有300个原子，我尝试过简单五螺烯和简单六螺烯在PM6级别下做柔性扫描扫二面角，可以得到较好的初猜过渡态，然后进一步用pm6优化，再使用B3LYP/6-31G(d,p)优化过渡态，优化结果跑irc是对的（学习了论坛其他相关帖子）。但是在面对这样原子很多的体系，pm6柔性扫描先粗扫了一次（步数15，步长5.0），又细扫了一次（步数8，步长2.5），选取了能量最高的点在pm6下优化，体系很快就滑回了柔性扫描前的结构，应该怎末办呢，能不能先冻结其他两个螺烯环，因为过渡态只有一个螺烯发生翻转；或者在过渡态优化的时候可以加上D3色散校正

阮文升-河内国大

错别字有点多，写得也有点乱，当前问题跟 B3LYP 究竟是什么关系？没看明白

江月待何人

阮文升-河内国大 发表于 2026-5-10 02:37
错别字有点多，写得也有点乱，当前问题跟 B3LYP 究竟是什么关系？没看明白

问题还没到用B3LYP优化，在用pm6优化螺烯超分子环的时候，直接回到了柔性扫描的初始结构。单个的螺烯分子没有出现这样的问题

阮文升-河内国大

江月待何人 发表于 2026-5-10 09:44
问题还没到用B3LYP优化，在用pm6优化螺烯超分子环的时候，直接回到了柔性扫描的初始结构。单个的螺烯分子 ...

要么你提供一下输入输出文件吧？

江月待何人

阮文升-河内国大 发表于 2026-5-10 11:32
要么你提供一下输入输出文件吧？

已在文中附上，两次柔性扫描扫二面角得到能量最高的点作为过渡态优化的起点，但是3个opt的gjf文件均是很快回到了起始结构

阮文升-河内国大

好的，我应该明白你的意图了。
我的建议是，先取出其中一个 anthra[9,1,2-cde]benzo[a]naphtho[1,2,3,4-rst]pentaphene 单元，计算 anthra[9,1,2-cde]benzo[a]naphtho[1,2,3,4-rst]pentaphene 的过渡态和活化能，这个计算量会小很多而且反应中心的情况会很接近你当前算的分子。然后，用得到的过渡态结构作为初猜，把反应中心的几何结构（如二面角等）套到你当前的分子上，应该会很快收敛的。

sobereva

这体系色散作用那么显著，必然得带色散校正，包括PM6也应该改成PM6D3或者能考虑色散作用的PM7，仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

帖子标题用词不当。你当前算过渡态也是在基态而非激发态势能面上算的。过渡态和极小点才是并列的关系