分子动力模拟MMGBSA一般取多少时间和多少帧比较合理呢？

Rick000000

各位老师好，我使用Amber的MMPBSA时，对于帧数和时间的选择有点疑问



体系平衡后，我应该取多少ns计算MMPBSA比较合理，如果考虑采样间隔的话，在这段时间里，我应该取多少帧数比较合理呢？


另外，我发现体系出现多段“平衡”时间段，碰到这种情况应该如何处理呢？（也是关于取时间和取帧数的问题）

student0618

看体系，不能一概而论。至少100帧，间隔大于体系autocorrelation time。

“体系出现多段“平衡”时间段” 指代不明，具体是指什么？有多个结合模式？

Rick000000

student0618 发表于 2026-5-18 12:29
看体系，不能一概而论。至少100帧，间隔大于体系autocorrelation time。

“体系出现多段“平衡”时间段 ...

您好，感谢答疑，就是我分析RMSD，绘图的时候，发现存在多个平衡阶段，举个例子，我跑200ns的模拟，在30ns-70ns，波动很小，曲线比较平稳，呈现直线的趋势，70ns突然下降，然后又开始波动，在90ns-200ns波动很小，大概是这种情况。

关于时间呢，我取多少时间比较合适呢，30ns取1000帧可以嘛，这个取多少帧有什么参考嘛，如何才能说明问题呢。

student0618

Rick000000 发表于 2026-5-18 13:38
您好，感谢答疑，就是我分析RMSD，绘图的时候，发现存在多个平衡阶段，举个例子，我跑200ns的模拟，在30n ...

RMSD 是什么的RMSD？ 是蛋白骨架还是配体的？

如果蛋白本来就是比较Flexible的，蛋白RMSD波动大很正常。看看是否直接影响结合位点。

Rick000000

student0618 发表于 2026-5-18 14:34
RMSD 是什么的RMSD？ 是蛋白骨架还是配体的？

如果蛋白本来就是比较Flexible的，蛋白RMSD波动大很正常 ...

复合物和蛋白骨架的RMSD出现那种情况,我计算了蛋白骨架、复合物、配体、口袋，4个RMSD。然后展示在一张图上。

sobereva

程序给你的结果是所有帧的平均，倘若所有帧的结构都一样，则考虑1000帧和只考虑1帧结果完全相同。显然模拟过程中结构波动程度越大，越可能需要较多的帧达到收敛的结果，这完全视体系而定，没法一概而论。拿不准就做结果随帧数增加的收敛性测试

倘若轨迹不同区段对应不同的结合模式（VMD里肉眼看轨迹，或者做簇分析辅助判断），则不同结合模式对应的轨迹区段应当分别做MMGBSA得到相应结合模式的结合自由能数值

Rick000000

sobereva 发表于 2026-5-18 23:36
程序给你的结果是所有帧的平均，倘若所有帧的结构都一样，则考虑1000帧和只考虑1帧结果完全相同。显然模拟 ...

感谢sobereva社长的答疑