利用RDkit做粗糙构象搜索的脚本（非python）

wal · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 wal 于 2026-6-5 16:55 编辑

笔者C盘比较紧张，一直因为MSVC吓人的存储空间占用没舍得装，Windows程序就用wsl里的mingw交叉编译凑合。昨天终于狠下心清理了一顿硬盘，装上之后真香了。编译了一个RDkit，随即搓了个小脚本测试一下。测试脚本思路与该贴类似一个傻瓜式（只需要输入smiles）快速构象搜索的exe程序（基于rdkit）。笔者用过原帖的程序，二进制体积有70多M，据此判断原帖的脚本可能是python脚本打包的，额外引入了很多东西，没法发在论坛上。不过该贴提供的下载地址目前已无法打开，所以笔者觉得这个脚本可能也有一定价值，于是开了一贴发一下。
源码：

main.cpp (37.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
可执行文件：

dist.zip (1.35 MB, 下载次数 Times of downloads: 4) （PS：编译出来二进制就不到3M惊呆了，之前以为起码得几十M呢）

使用方法：双击打开，输入smiles和输出文件名，然后修改参数。显示在屏幕上的有一些项，可以自行斟酌修改。

笔者默认用EDKDG生成原子数*4个构象，用MMFF94预优化（不可用时回退到UFF），然后聚类，输出到sdf文件和trj.xyz，同时屏幕上还显示聚类后的boltzmann分布结果

生成的sdf文件里也有主要信息记录，可以自行检视

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[辅助/分析程序] 利用RDkit做粗糙构象搜索的脚本（非python）