AMBER报错“Periodic box dimensions have changed too much”如何解决？

王涛

体系描述：

• 六肽（序列 DLESFL，N端乙酰化，C端游离）+ 铵根离子（NH₄⁺）
• 溶剂：TIP3P 水盒子，尺寸 45 Å 立方体
• 力场：ff14SB
• 模拟软件：Amber 26（pmemd.cuda + sander）
  

当前模拟流程：

• 溶剂化操作
  

1. source leaprc.protein.ff14SB
   
2. source leaprc.water.tip3p
   
3. 
   
4. system = loadPdb complex_leap.pdb
   
5. solvateBox system TIP3PBOX 12.0 iso
   
6. addIonsRand system Na+ 0
   
7. set system box 45.0
   
8. 
   
9. check system
   
10. charge system
    
11. saveAmberParm system solvated.prmtop solvated.inpcrd
    
12. savePdb system solvated.pdb
    
13. quit

复制代码

• 最小化：
  

两步约束最小化（第一步约束对象为整个肽，第二步约束对象为整个肽的重原子（@CA,C,N,O），约束从500 → 10 kcal/mol/Ų）
步数 5000/10000，ntb=1，cut=10

• 升温（NVT）：
  

0→300 K，50,000 步（100 ps），dt=0.002，Langevin 恒温器（ntt=3，gamma_ln=2.0），弱约束（2.0 kcal/mol/Ų），约束对象为整个肽的骨架（@CA）

• NPT 平衡：
  

最初为单步 200 ps（100,000 步，dt=0.002，taup=2.0）
后来改为两步：① 100 ps（dt=0.001，taup=5.0）使用 sander（CPU）；② 200 ps（dt=0.002，taup=2.0）使用 pmemd.cuda

1. # ========== 4a. 短 NPT 平衡 (100 ps, 1 fs, 慢压力耦合) ==========
   
2. cat > equil1.in << 'EQUIL1EOF'
   
3. Step 4a: NPT equilibration (100 ps, 1 fs step, slow pressure coupling)
   
4. &cntrl
   
5. imin=0, irest=1, ntx=5,
   
6. nstlim=100000, dt=0.001,
   
7. ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=5.0,
   
8. ntc=2, ntf=2, cut=10.0,
   
9. temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0,
   
10. ntpr=1000, ntwr=1000, ntwx=0,
    
11. ioutfm=1, iwrap=1, nscm=1000,
    
12. /
    
13. EQUIL1EOF
    
14. 
    
15. # ========== 4b. 长 NPT 平衡 (200 ps, 2 fs) ==========
    
16. cat > equil2.in << 'EQUIL2EOF'
    
17. Step 4b: NPT equilibration (200 ps, 2 fs step)
    
18. &cntrl
    
19. imin=0, irest=1, ntx=5,
    
20. nstlim=100000, dt=0.002,
    
21. ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=2.0,
    
22. ntc=2, ntf=2, cut=10.0,
    
23. temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0,
    
24. ntpr=1000, ntwr=50000, ntwx=0,
    
25. ioutfm=1, iwrap=1, nscm=1000,
    
26. /
    
27. EQUIL2EOF

复制代码

• 生产 MD
  

报错信息

想请教一下这个报错要如何解决呢？附上完整脚本
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student0618

1. 检查轨迹，有没有明显的某原子跑开？离子结构是否稳定？
2. 先换 cpu 跑或换sander 跑一段，看看能不能跑

几个问题
TIP3PBOX 为什么有空格？
存prmtop怎么没source gaff2的leaprc?
怎么没Load 用gaff2的 分子的frcmod 和 lib?

王涛

student0618 发表于 2026-7-20 11:29
1. 检查轨迹，有没有明显的某原子跑开？离子结构是否稳定？
2. 先换 cpu 跑或换sander 跑一段，看看能不能 ...

老师，我检查了轨迹，没有明显的原子跑开。
问题1：TIP3PBOX 为有空格，这个是我保存笔记到obsidian中自己分开的，我检查了我运行的文件是没有问题的。我会改正题目中的错误。
问题2：
我生成生成未溶剂化复合物拓扑时，配体的写法是

1. ATOM     52  CD1 LEU A   7       3.592  -3.172  -2.315  1.00  0.00           C
   
2. ATOM     53  CD2 LEU A   7       5.581  -3.795  -0.947  1.00  0.00           C
   
3. ATOM     54  OXT LEU A   7       8.621  -0.600  -2.644  1.00  0.00           O
   
4. TER
   
5. HETATM   55  N   NH4 B   1       2.505   2.515  -5.930  1.00  0.00           N
   
6. TER
   
7. END

复制代码

我看网上说的是胺根离子是很常见的，amber力场f就有，不需要gaff。所以是应该加上GAFF2这一步吗

student0618

王涛 发表于 2026-7-20 14:59
老师，我检查了轨迹，没有明显的原子跑开。
问题1：TIP3PBOX 为有空格，这个是我保存笔记到obsidian中自 ...

Sorce leaprc.water.tip3p是有NH4 参数， 我问是因为一楼说有用gaff 我以为有其他分子用到

最小化如果有约束可能令重叠的原子无法Relax，试了加一步不约束的最小化再继续

看轨迹这主要是看4a报错前一步发生了什么，通常崩溃前几步有问题的键会看出来。

没平衡的一开始先用cpu试跑，cpu的amber 较稳定。

王涛

student0618 发表于 2026-7-20 18:31
Sorce leaprc.water.tip3p是有NH4 参数， 我问是因为一楼说有用gaff 我以为有其他分子用到

最小化如果 ...

老师你好，我把4a改成CPU运行之后的out文件如下，我是看着没有error了

=== Step 4a: NPT equilibration (100 ps, 1 fs) ===
--------------------------------------------------------------------------
No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be
used on a specific port.  As such, the openib BTL (OpenFabrics
support) will be disabled for this port.

  Local host:           wqd10nba06g1
  Local device:         mlx5_bond_0
  Local port:           1
  CPCs attempted:       rdmacm, udcm
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
WARNING: Could not generate an xpmem segment id for this process'
address space.

The vader shared memory BTL will fall back on another single-copy
mechanism if one is available. This may result in lower performance.

  Local host: wqd10nba06g1
  Error code: 2 (No such file or directory)
--------------------------------------------------------------------------
[wqd10nba06g1:221487] 5 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib-cpc-base.txt / no cpcs for port
[wqd10nba06g1:221487] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[wqd10nba06g1:221487] 5 more processes have sent help message help-btl-vader.txt / xpmem-make-failed