求助膜蛋白与膜蛋白分子对接遇到的问题

cquptlu · 发表于 Post on 6 day ago

请教：我在进行膜蛋白与膜蛋白分子对接，遇到的问题：1.膜蛋白太大，是同源四聚体，我该用一条链去进行对接还是4条链？一条链的话主要担心无法对接结合位置不准，在湿实验上通过pull down证实是在C端与目标蛋白结合（与目标蛋白的结合区域未知），但是单条链结合位点在跨膜区，远离C端。限制结合位点在C端，但对接得分这些指标都很差，投文章会被质疑，这种该如何进行分子对接？用同源4条链去对接，限制结合位点在C端，对接得分也很差，整个C端相对整个蛋白来说很小，该如何对这种体系进行分子对接？

student0618 · 发表于 Post on 6 day ago

先直接用co-folding如AlphaFold 3试试

cquptlu · 发表于 Post on 3 day ago

student0618 发表于 2026-8-7 11:48
先直接用co-folding如AlphaFold 3试试

用alphafold3试过，结合位点不在实验文献报道的部位

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[分子对接] 求助膜蛋白与膜蛋白分子对接遇到的问题

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