使用sobtop生成力场文件时闪退是什么原因？

sj12138

我使用sobtop想生成一个OHT.pdb的力场文件。但是在assign_AT.dat文件中修改后键入5后总有一些Al和H识别不出来提示160 atoms do not have atom type currently
于是我在键入5后又键入6然后将H和Al手动选择。选择后键入0之后直接会闪退sobtop并且在文件夹中没有itp和top文件。请问这个是什么情况？是我的操作不正确还是我打开sobtop的方式有问题？（windows打开）

sobereva

你没有提供修改过的LJ_param.dat，我没法测试
并且请提供从一开始输入的完整命令

sj12138

感谢sob老师


已解决

sj12138

sobereva 发表于 2026-8-8 22:47
你没有提供修改过的LJ_param.dat，我没法测试
并且请提供从一开始输入的完整命令

但是sob老师，我想请教一下，
一.
为什么键入
1//
5//
后，这里会提示160 atoms do not have atom type currently
我检查了一下，这160个原子全是Al和H，但是所有的Al都是6个配位，H都是表面羟基化的H都是只有一个键，为什么有的能识别出来有的识别不出来？
二.
为了识别所有原子我在上述操作后又键入
6//
Al//
al_oht//
6//
H//
h_oh//
0//
4//
回车//
回车//
后生成的itp文件中有部分的al_oht没有电荷
附上我生成的itp文件。

sobereva

sj12138 发表于 2026-8-9 00:26
但是sob老师，我想请教一下，
一.
为什么键入

诸如1209号H没识别出来，VMD里看一眼它的位置就知道明显不对，离Al太近。

你把sobtop.ini里ioutatminfo设为1，然后启动sobtop并载入pdb文件后，当前目录下的atminfo.txt里会看到各个原子判断的连接关系，可见1209H被判断成了与1190O和1204Al都形成了键：
1209H   36.012  29.556   5.956   0.00000  1190O   1204Al

sj12138

sobereva 发表于 2026-8-9 00:43
诸如1209号H没识别出来，VMD里看一眼它的位置就知道明显不对，离Al太近。

你把sobtop.ini里ioutatminf ...

感谢sob老师，我按照您的方法检查了一下Al以24号和26号Al为例，为什么会识别出来他们两个成键那？我看了一下他俩距离是2.65远超1.96的1.15倍（sobtop.ini文件中设置为bondcrit= 1.15）。为了方便观察，图中将Al原子修改为黑色，并展示其距离

sj12138

sj12138 发表于 2026-8-9 01:09
感谢sob老师，我按照您的方法检查了一下Al以24号和26号Al为例，为什么会识别出来他们两个成键那？我看了 ...

已解决，感谢sob老师