关于AF3准确度的问题

夜航星

想和各位老师讨论一下关于AF3的结果准确度的问题。我最近看了一篇文章，讲的是决定AF3的结果的主要是MSA的步骤，MSA的过程中搜索到的同源序列越多，结果就越准确。我于是进行了一些比较，分别是官网，本地MSA，以及使用ColabFold网站的MSA。结果显示，对于40肽的氨基酸，官网与本地的MSA都只能搜到10个同源序列，同时官网给的seed和本地默认给的seed都是1，在这种情况下结果相近，但是如果seed变为40等其他数字，iptm等数值就会产生较大的变化，而在线MSA可以获得300个以上的同源序列，再进行计算的时候就会不再受seed的影响，结果也比较稳定，我于是进行了一下突变扫描，获得的结果数值与AF3的差异不大，但是扫描出来的序列的排名和af3的排名则是相关性很弱，那么我在进行筛选的时候应该选择哪一个结果会比较好？深度MSA的还是官网的？